离婚协议中约定男方应归还女方在婚姻存续期间的借款，通常是合法有效的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律效力的基础
离婚协议是双方自愿达成的关于解除婚姻关系、财产分割、债务处理等事项的约定。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，只要离婚协议是双方真实意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么协议就是有效的。因此，离婚协议中约定男方偿还女方借款，只要符合上述条件，就具有法律效力。
二、对男女双方的约束力
个人债务情况：如果该借款属于男方的个人债务，离婚协议中约定由男方偿还，那么该约定对男女双方具有法律约束力。若男方不履行还款义务，女方有权依据离婚协议向法院提起诉讼，要求男方履行还款责任。
共同债务情况：如果该借款属于夫妻共同债务，即使离婚协议约定由男方偿还，债权人仍有权要求夫妻双方共同偿还。不过，女方在偿还后，可以依据离婚协议向男方追偿。但需要注意的是，离婚协议中的偿债约定不能对抗善意债权人。如果债权人不知道该约定，仍然可以按照共同债务要求双方承担。
三、实际操作中的注意事项
确保协议的真实性和合法性：在签订离婚协议时，双方应确保协议内容真实、合法，不存在欺诈、胁迫等情形。否则，协议可能被认定为无效。
明确债务性质：在协议中应明确借款的性质，是属于个人债务还是共同债务。这有助于在后续执行过程中减少争议。
保留相关证据：为了证明借款的存在和性质，双方应保留相关的借款凭证、转账记录等证据。这些证据在后续诉讼中可能起到关键作用。
四、法律后果
如果男方不按照离婚协议的约定履行还款义务，女方可以依据协议向法院提起诉讼，要求男方履行还款责任。法院在审理此类案件时，通常会支持女方的合理诉求，以维护协议的法律效力和当事人的合法权益。
建议：在签订离婚协议时，双方应充分沟通、协商，确保协议内容真实、合法、有效。如果有任何疑问或不确定的地方，可以寻求专业律师的帮助。如果您在此过程中有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。