公司发生违法行为时，违法行为的管辖权通常归属于公司主要办事机构所在地或公司注册地的有管辖权的司法机关和行政执法机关。以下是对此问题的详细分析：
一、管辖权的基本原则
地域管辖原则：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关行政法规，地域管辖通常按照被告住所地或侵权行为地来确定。在公司违法的情况下，公司的主要办事机构所在地或注册地往往被视为其住所地，因此这些地区的司法机关和行政执法机关具有管辖权。
级别管辖原则：
- 除了地域管辖外，还存在级别管辖的问题。即根据案件的性质、影响范围等因素，确定由哪一级别的法院或行政机关来管辖。例如，对于重大、复杂的公司违法案件，可能由更高级别的法院或行政机关来管辖。
二、具体管辖机关的确定
司法机关：
- 当公司违法行为涉及刑事犯罪时，由公安机关负责侦查，检察机关负责提起公诉，法院负责审判。此时，管辖权通常归属于公司主要办事机构所在地或犯罪行为发生地的司法机关。
- 若公司违法行为仅涉及民事纠纷，如合同违约等，则由公司住所地或合同履行地的法院管辖。
行政执法机关：
- 对于公司违反行政法规的行为，如环保法规、税务法规等，由相应的行政执法机关负责查处。这些机关通常根据公司的主要办事机构所在地或违法行为发生地来确定管辖权。
- 例如，若公司违反环保法规，则可能由公司所在地的环保部门负责查处；若公司违反税务法规，则可能由公司所在地的税务机关负责查处。
三、特殊情况下的管辖权
网络违法行为的管辖权：
- 随着互联网的普及，公司通过网络实施的违法行为日益增多。对于这类行为，管辖权可能更加复杂。一般来说，若违法行为通过网络对公司所在地或用户所在地造成影响，则这些地区的司法机关和行政执法机关可能具有管辖权。
跨国公司违法行为的管辖权：
- 对于跨国公司的违法行为，管辖权可能涉及多个国家。此时，需要根据国际法和相关双边或多边协议来确定管辖权。通常，跨国公司的主要办事机构所在地或违法行为发生地的国家可能具有管辖权。
四、法律建议
- 及时咨询专业律师：若公司面临违法行为指控，建议及时咨询专业律师，以了解具体的管辖权和法律程序。
- 配合调查：无论管辖权归属于哪个机关，公司都应积极配合调查，提供必要的证据和资料。
- 加强合规管理：为避免违法行为的发生，公司应加强合规管理，建立健全的内部控制制度。
若您有任何关于公司法务或刑事辩护的法律问题，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。