若个人注册的医疗器械有限公司被别人非法使用，可能会面临以下几种法律后果和风险：
法律责任风险：
- 民事责任：如果他人使用你的公司名义进行经营活动，并因此产生债务或纠纷，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，作为名义上的公司所有者，你可能会被卷入相关的民事诉讼中，承担不必要的法律责任。例如，如果该公司因经营不善而欠债，债权人可能会起诉你要求偿还债务，即使你并未实际参与经营。
- 行政责任：根据《中华人民共和国公司法》及相关行政法规，未经许可擅自使用他人公司名义进行经营活动，属于违法行为。如果相关部门查实，你作为名义上的公司所有者，可能会面临行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。
- 刑事责任：在极端情况下，如果他人使用你的公司名义进行诈骗、制售假冒伪劣产品等犯罪活动，你可能会因“帮助”或“纵容”犯罪而承担刑事责任。虽然这通常需要你明知或应知他人从事犯罪活动而未予制止，但一旦涉及，后果将非常严重。
商业信誉损害：
- 他人非法使用你的公司名义进行经营活动，可能会损害你的商业信誉。如果该公司因经营问题而引发负面新闻或投诉，你的个人声誉和未来商业活动都可能受到严重影响。
经济损失：
- 除了可能承担的民事责任外，你还可能因公司名义被滥用而遭受直接的经济损失。例如，他人可能利用你的公司名义进行贷款、签订合同等，导致你面临财务上的困境。
针对上述风险，我建议你采取以下措施：
- 立即采取法律行动：一旦发现有人非法使用你的公司名义，应立即向公安机关报案，并咨询专业律师，了解具体的法律救济途径。
- 加强公司管理：确保你的公司注册信息、营业执照等重要文件的安全，避免泄露给他人。同时，定期对公司进行审计和检查，确保公司经营活动合法合规。
- 完善法律手续：如果确实需要将公司名义授权给他人使用，应签订详细的授权合同，明确双方的权利和义务，并办理相关的法律手续，如备案、公告等。
若你发现个人注册的医疗器械有限公司被别人用了，务必保持冷静并立即采取行动。有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供进一步的法律建议。