针对您提出的“离婚时两个男孩一个亲生一个非亲生，法院会怎么判”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
在离婚案件中，当涉及到一个亲生子女和一个非亲生子女的抚养权判决时，法院会综合考虑多方面因素来做出裁决。这些因素包括但不限于子女的年纪、性别、身体状况、生活习性以及双方父母的抚养能力和条件等。
一、抚养权判决原则
子女成长利益：法院的首要考量是子女的成长利益，即判决结果应有利于子女的身心健康和全面发展。
法律地位平等：非亲生子女和亲生子女在法律地位上是平等的，都享有被抚养和教育的权利。但在实际判决时，法院可能会因为亲子关系的特殊性而加以考虑。
二、具体判决情况
双方均有意愿和条件抚养：
- 如果亲生父母双方都有抚养子女的意愿，并且具备抚养的条件（如经济能力、居住环境、教育背景等），法院一般会尊重双方的意愿，可能判决双方各自抚养一个子女，或者根据具体情况判决抚养权的归属。
一方抚养条件明显更好：
- 如果一方的抚养条件明显优于另一方（如经济能力更强、居住环境更稳定、教育背景更优越等），法院可能会将抚养权判给这一方，以确保子女能够在更好的环境中成长。
非亲生子女抚养的特殊性：
- 对于非亲生子女，虽然法律地位与亲生子女相同，但在实际判决时，法院可能会考虑亲子关系的建立情况、子女的情感依赖等因素。如果非亲生子女与一方父母建立了深厚的亲子关系，且该方父母有抚养意愿和能力，法院可能会倾向于将抚养权判给该方。
三、抚养费问题
未直接抚养方需给付抚养费：
- 无论子女是亲生还是非亲生，未直接抚养的一方都需要依法给付抚养费，以确保子女的基本生活和教育需求得到满足。
非亲生子女抚养费的特殊性：
- 对于非亲生子女，如果非亲生方在离婚前已经支付了抚养费，且在离婚后不再承担抚养义务，那么已支付的部分可能涉及返还问题。但这需要根据具体情况和法院的判决来确定。
四、其他相关问题
精神损害赔偿：
- 如果非亲生方在得知子女非亲生后，认为对方存在欺诈或隐瞒行为，导致自己遭受了精神损害，可能会要求精神损害赔偿。这在司法实践中是会根据具体情形予以考量的。
协商与调解：
- 在离婚案件中，双方父母可以通过协商或调解的方式来解决抚养权和抚养费等问题。如果双方能够达成一致意见，法院一般会尊重双方的协商结果。
综上所述，离婚时两个男孩一个亲生一个非亲生的抚养权判决是一个复杂而细致的过程。法院会综合考虑多方面因素来做出裁决，以确保子女的成长利益得到最大程度的保障。如果您面临这样的情况，建议咨询专业的律师以获取更具体的法律建议和帮助。