结论前置：男方不能通过遗嘱处理该套房产，具体分析如下：

1. 夫妻财产协议的法律效力
   根据《民法典》第1065条，夫妻可以约定婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产归各自所有、共同所有或部分各自所有、部分共同所有。若双方已签订合法有效的财产协议，明确约定房产归女方所有，则该房产在法律上已属于女方的个人财产，男方不再享有处分权。

2. 遗嘱处分的限制
   遗嘱只能处分遗嘱人个人所有的合法财产（《民法典》第1133条）。由于房产已通过协议归女方所有，男方对该房产无所有权，因此无权通过遗嘱对其作出处分。若男方在遗嘱中涉及该房产，该部分内容将因违反法律规定而无效。

3. 例外情形说明
   若存在以下特殊情况，需另行分析：

   • 协议效力瑕疵：如财产协议存在欺诈、胁迫、未办理公证（如涉及不动产约定）等情形，可能导致协议无效或被撤销，此时房产可能恢复为夫妻共同财产，男方有权处分其份额。
     
   • 房产登记与协议不一致：若房产仍登记在男方名下，可能引发权属争议。但根据《民法典》司法解释，不动产以登记为准，若女方能证明协议真实性且无其他相反证据，仍以协议约定为准。
     

建议：若男方试图通过遗嘱处分该房产，女方可依法主张协议效力，要求确认遗嘱中涉及房产的部分无效。如有争议，建议通过诉讼解决，并保留财产协议、房产登记证明等关键证据。

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