关于诊所自行配制制剂是否合法的问题，这主要取决于具体的配制行为和是否遵循了相关的法律法规。

首先，我们需要明确的是，医疗机构配制中药制剂，并非完全禁止，但必须遵循严格的法律规定。根据《中华人民共和国中医药法》的相关规定，医疗机构如果想要配制中药制剂，通常需要取得医疗机构制剂许可证，或者委托已经取得药品生产许可证的药品生产企业、其他取得医疗机构制剂许可证的医疗机构进行配制。

对于自行配制制剂的情况，法律有明确的备案要求。如果医疗机构应用传统工艺配制中药制剂，并且未依照法律规定进行备案，或者未按照备案材料载明的要求配制中药制剂，那么这种行为将被视为违法，并可能按生产假药给予处罚。这包括没收违法所得，处以罚款，甚至可能撤销药品批准证明文件，责令停产、停业整顿，构成犯罪的还将依法追究刑事责任。

此外，如果诊所自行配制制剂并未取得相应的许可或未进行备案，且该制剂并非基于传统工艺，那么这种行为很可能构成非法生产药品，将面临更为严重的法律后果。

总结来说，诊所自行配制制剂并非完全合法，其合法性取决于是否遵循了相关的法律法规，特别是是否取得了必要的许可和进行了备案。如果诊所想要配制制剂，建议先咨询相关的药品监督管理部门或中医药主管部门，了解具体的法律要求和操作流程，以确保合法合规。