有证明人的协议是否有效，需分情况讨论：
一、协议有效的情形
双方已盖章或履行主要义务：
- 根据《民法典》的相关规定，如果协议内容合法，且签订协议是双方当事人真实意思表示，那么即使只有一方签字和证明人签字，但如果有双方当事人盖章或者双方当事人已经履行了协议主要义务，且对方接受的，该协议仍然有效。
特定简易合同或交易习惯：
- 在某些特定情况下，如法律规定的某些简易合同或根据交易习惯，可能会存在一方签字且有证明人签字即有效的情况。但这需要依据具体的法律规定和实际情况来判断，不能一概而论。
二、协议无效的情形
仅一方签字且未履行主要义务：
- 一般情况下，协议是双方或多方之间达成的具有法律约束力的约定，需要双方或多方共同签字认可，以表示各方均同意协议的内容和条款。如果协议仅一方签字，且没有双方当事人盖章，同时双方也未履行协议主要义务，那么该协议通常无效。因为仅一方签字不能体现双方的共同意愿，而证明人签字主要是起到见证的作用，不能替代双方的签字。
协议内容违法或违背公序良俗：
- 如果协议内容违反法律法规的强制性规定，或者违背公序良俗，那么无论是否有证明人签字，该协议都无效。
三、增强协议法律效力的建议
确保双方签字或盖章：
- 为了确保协议的法律效力，最好由双方当事人在协议上签字或盖章。这是协议成立并生效的基本要求。
履行主要义务并保留证据：
- 如果双方已经实际履行了协议的主要义务，并保留了相关证据（如交货单、付款凭证等），那么即使协议形式上存在瑕疵，也可能被认定为有效。
考虑公证或登记：
- 对于某些重要的协议，可以考虑进行公证或登记。公证可以由公证机构审查确认协议的合法性、真实性和有效性，并出具公证文书。登记则适用于特定类型的协议（如土地使用权转让、房屋买卖等），可以增强协议的法律效力。
举例说明：
假设甲和乙签订了一份买卖合同，但只有甲签字和证明人丙签字，乙未签字。如果甲已经按照合同约定交付了货物，且乙已经接受并支付了货款，那么即使乙未在合同上签字，该合同也可能被认定为有效。因为双方已经实际履行了合同的主要义务，并保留了相关证据。
总结与建议：
有证明人的协议是否有效，取决于多种因素，包括协议内容是否合法、双方是否真实意思表示、是否履行了主要义务等。为了确保协议的法律效力，建议双方当事人在签订协议时尽量确保协议形式上的完备性，并在履行过程中保留相关证据。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。