若安全生产事故调查超过调查期限，需根据具体情况采取相应措施，核心结论如下：

1. 调查期限的法律规定与延长程序
   根据《生产安全事故报告和调查处理条例》第二十九条，事故调查组应当自事故发生之日起60日内提交事故调查报告；特殊情况下，经负责事故调查的人民政府批准，提交报告的期限可以适当延长，但延长的期限最长不超过60日。
   若未履行延长程序而超期，则属于程序违法，可能影响调查报告的效力。此时，事故单位或相关方可通过行政复议或行政诉讼主张程序瑕疵，要求撤销或重新调查。

2. 超期调查的法律后果与应对

   • 对责任认定的影响：超期调查可能导致证据灭失（如监控录像覆盖、证人记忆模糊），进而影响责任划分的公正性。若调查报告已出具但超期，相对方可在行政处罚听证或诉讼中提出“程序违法”的抗辩，要求法院不予采纳调查结论。
     
   • 对行政处罚的效力：根据《行政处罚法》第三十八条，行政机关作出处罚决定前需充分调查取证。若调查超期导致证据不足，处罚决定可能被法院撤销。例如，某企业因超期调查未被充分询问，法院最终以“程序违法”为由撤销了对其的罚款决定。
     
   • 对民事赔偿的间接影响：在民事诉讼中，超期调查可能削弱调查报告的证明力，但法院仍可能结合其他证据（如现场照片、医疗记录）认定责任。此时，当事人需主动收集证据，避免过度依赖调查报告。

3. 超期后的救济途径

   • 行政救济：向负责事故调查的人民政府提出书面异议，要求说明超期原因并督促加快程序。若政府未回应，可申请行政复议，主张“未在法定期限内履行职责”。
     
   • 司法救济：若调查报告已作为行政处罚依据，可在收到处罚决定书后60日内提起行政诉讼，请求法院审查调查程序的合法性。
     
   • 证据固定：无论是否超期，事故单位均应自行保存现场照片、设备检修记录、员工培训记录等证据，以备后续争议使用。

建议：若您涉及的安全生产事故调查已超期，需立即评估超期是否影响责任认定或处罚结果。如有疑问，可直接向我提供具体案情（如事故等级、超期时长、是否已出具报告等），我将进一步分析程序瑕疵对实体权利的影响，并制定应对策略。