实习期员工在休年假期间，工资是不应被扣除的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》：该法明确规定了劳动者享有带薪年休假等休息休假权利。虽然实习生与用人单位之间可能未签订正式的劳动合同，但实习关系在本质上仍受到劳动法的调整和保护。这意味着，实习生在实习期间也应享有相应的休息休假权利，包括带薪年休假。
《职工带薪年休假条例》：尽管该条例主要针对的是正式员工，但如果实习生在实习单位连续工作满一定期限（如1年以上），且实习单位认可其享有年假权益，那么实习生在休年假时也应参照此规定执行，享受带薪年休假。
二、工资支付标准
正常出勤工资标准：实习生在休年假期间，应获得与其正常工作期间相同的工资待遇。如果实习生在正常工作期间有固定的日薪或月薪，那么在休年假时也应按照这一标准支付工资。
无固定报酬的情况：对于没有固定报酬的实习生，用人单位可以根据实际情况给予一定的生活补贴或津贴。但无论如何，都不得克扣或无故拖欠实习生的年假工资。
三、特殊情况说明
实习协议约定：如果实习协议中有关于年假及工资支付的特别约定，那么双方应按照协议内容履行各自义务。例如，协议中可能规定了年假的天数、工资支付的标准以及支付方式等。在这种情况下，实习生和用人单位都应遵守协议中的规定。
实习单位政策：部分实习单位可能会根据自身情况制定更为详细的年假及工资支付政策。这些政策在不违反法律法规的前提下，对实习生具有约束力。因此，实习生在入职前应仔细了解实习单位的政策，并确保自己能够接受这些政策。
四、法律建议
保留证据：实习生在休年假前，应确保自己已经满足了享受年假的条件，并保留好相关证据，如工作记录、考勤记录等。以便在发生纠纷时，能够证明自己的权益。
与用人单位沟通：如果实习生对年假工资有疑问或担忧，应及时与用人单位进行沟通。通过沟通，可以明确双方的权利和义务，避免不必要的纠纷。
寻求法律援助：如果实习生与用人单位在年假工资问题上无法达成一致，可以寻求法律援助或咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律建议，并帮助实习生维护自己的合法权益。
总结来看，实习期员工在休年假期间是有工资的，且工资标准应与正常工作期间相同。如果遇到用人单位克扣或无故拖欠年假工资的情况，实习生可以通过与用人单位沟通、寻求法律援助等方式来维护自己的合法权益。如果有任何法律问题，都可以直接向我咨询。