您好，关于哪个部门认定违建的问题，这实际上涉及多个法律法规和部门职责。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，违建的认定主要依据《中华人民共和国城乡规划法》和《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规。这些法律为违建的认定提供了明确的法律依据和标准。

在认定违建的过程中，不同部门会根据其职责范围进行相应的调查和判定：

1. 农业农村主管部门：

   • 根据最新的土地管理法规定，农村村民未经批准非法占用土地建住宅的查处职责，主要由县级以上人民政府农业农村主管部门行使。这意味着，如果涉及农村村民非法占地建房的情况，农业农村部门将负责进行调查和认定。

2. 自然资源主管部门：

   • 对于非农村村民（如城市居民、企业等）非法占地建房，或者农村村民非法占用非宅基地（如耕地、林地等）建房的情况，自然资源主管部门将负责进行调查和认定。自然资源部门在土地管理、城乡规划等方面具有专业的执法能力和职责。

3. 其他相关部门：

   • 在某些特殊情况下，如公路、铁路、文物保护等附近建房时，还需要符合公路法、铁路法、环境保护法等相关法律的规定。此时，相关管理部门（如交通部门、文物部门等）也可能参与违建的认定和处理。

认定流程：

• 在认定违建时，相关部门会先通过《土地管理法》确定土地使用是否合法。如果土地使用权不合法，其上面的建筑很可能被认定为违建。
• 若土地取得程序合格且有使用权证，则需要依据《城乡规划法》确定该建筑的建造者在建房时或建成后是否取得了建设用地规划许可证及建设工程规划许可证，以及是否依照该规划许可证建房。
• 相关部门会进行现场调查、取证，并根据法律法规和实际情况作出违建认定决定。

总结：

违建的认定是一个涉及多个部门和法律法规的复杂过程。农业农村主管部门和自然资源主管部门是主要的认定和查处部门，具体职责根据违建主体的身份和建筑类型而定。在认定过程中，相关部门会依据相关法律法规进行调查和判定，确保违建认定的准确性和合法性。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。