结论：没有土地确权证，法院是否立案需视具体情况而定，但通常土地确权证是处理此类纠纷的重要证据，缺乏该证据可能增加立案和诉讼的难度。

分析如下：

1. 法院立案的基本条件：

   • 法院立案主要审查原告是否与案件有直接利害关系、是否有明确的被告、是否有具体的诉讼请求和事实理由，以及是否属于法院管辖范围。
   • 对于农田永久转让纠纷，原告需要提供初步证据证明其与转让行为有利害关系，以及转让行为的基本事实。

2. 土地确权证的作用：

   • 土地确权证是证明土地权属的重要法律文件，它明确了土地的所有权、使用权等权益归属。
   • 在农田转让纠纷中，土地确权证是判断转让行为是否合法、有效，以及确定双方权益的关键证据。

3. 缺乏土地确权证的影响：

   • 如果原告没有土地确权证，法院在立案时可能会要求原告提供其他证据来证明其对农田的权益，如土地承包合同、缴费凭证、村委会证明等。
   • 缺乏土地确权证可能增加法院审查案件的难度，延长立案时间，甚至在某些情况下可能导致法院不予立案。

4. 建议：

   • 如果原告没有土地确权证，应尽快收集其他能够证明其对农田权益的证据，如与村委会签订的土地承包合同、历年来的土地缴费凭证、村委会或相关部门的证明文件等。
   • 在提起诉讼前，最好咨询专业律师，评估案件的胜诉可能性，并准备充分的证据材料。

行动建议：如果您正面临农田永久转让纠纷且没有土地确权证，建议您先收集其他相关证据，并直接向我咨询，以便更准确地评估您的案件情况和制定诉讼策略。