施工单位在海域乱抛疏浚物属于违法行为，需承担行政责任、民事责任甚至刑事责任，具体处理方式需结合违法情节、损害后果及法律规定综合判定。以下从法律责任、处理程序、合规建议三个维度展开分析：

一、法律责任认定

1. 行政责任
   根据《中华人民共和国海洋环境保护法》第七十六条，施工单位未按规定倾倒废弃物或未采取防扩散措施的，由海洋行政主管部门责令停止违法行为，限期改正，并处五万元以上五十万元以下罚款；情节严重的，吊销倾倒许可证。
   关键点：需证明违法倾倒行为与海域损害的因果关系，行政机关可通过现场检查、监测报告等证据固定违法事实。

2. 民事责任
   若乱抛行为导致海域生态破坏（如污染养殖区、破坏珊瑚礁等），施工单位需依据《民法典》第一千二百二十九条承担环境污染侵权责任，包括修复费用、生态服务功能损失赔偿及惩罚性赔偿（如存在故意）。
   案例参考：某公司因违规倾倒疏浚物导致近海渔业资源损失，法院判决其赔偿修复费用及渔民经济损失共计2000余万元。

3. 刑事责任
   若倾倒物含剧毒、放射性物质或倾倒量超标3倍以上，可能触犯《刑法》第三百三十八条“污染环境罪”，处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
   立案标准：需达到“严重污染环境”程度，如致使公私财产损失30万元以上，或造成海洋生态功能丧失等。

二、处理程序与证据固定

1. 行政查处流程

   • 立案：海洋行政主管部门发现违法线索后，应在7日内决定是否立案。
     
   • 调查取证：通过现场勘验、采样检测、询问当事人等方式收集证据。
     
   • 处罚告知：作出处罚决定前，需告知当事人陈述、申辩权利。
     
   • 执行与复议：当事人可在60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。

2. 民事诉讼关键证据

   • 倾倒行为证据：如施工日志、监控录像、证人证言。
     
   • 损害后果证据：如水质检测报告、渔业损失统计、生态修复方案。
     
   • 因果关系证据：需通过专业机构鉴定（如环境损害司法鉴定）。

三、合规建议与风险防范

1. 事前预防

   • 办理合法倾倒许可：向海洋行政主管部门申请《废弃物海洋倾倒许可证》，明确倾倒区域、方式及数量。
     
   • 制定环保方案：采用封闭式运输、定点倾倒等措施，避免疏浚物扩散。

2. 事中控制

   • 安装监控设备：对倾倒过程全程录像，留存作业记录。
     
   • 定期检测水质：委托第三方机构监测倾倒区域环境指标，及时调整作业方式。

3. 事后补救

   • 主动报告违法行为：发现误倾或泄漏后，立即停止作业并报告主管部门，可减轻处罚。
     
   • 参与生态修复：与环保部门签订修复协议，通过种植红树林、投放人工鱼礁等方式弥补损害。

结语：海域生态保护涉及公共利益，施工单位需严格遵守环保法规。若已发生违法倾倒，建议立即委托专业律师介入，通过行政复议、民事调解或刑事辩护等途径降低法律风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。