当司法拍卖的房屋存在租赁关系时，处理方式需依据相关法律法规及租赁合同的具体内容来综合判断。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据与原则
“买卖不破租赁”原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》第七百二十五条，租赁物在承租人按照租赁合同占有期限内发生所有权变动的，不影响租赁合同的效力。这意味着，如果租赁合同签订在先，且真实、合法、有效，那么即使房屋被拍卖，新的买受人仍需继续履行原租赁合同，承租人可继续按照原租赁合同使用房屋至租赁期限届满。
先查封后租赁的例外情况：
- 如果租赁合同是在法院查封之后签订的，那么该租赁合同不能对抗房屋的司法拍卖。即，租赁关系不能约束买受人，买受人有权要求承租人腾退房屋。
二、具体处理方式
审查租赁合同：
- 在拍卖前，应仔细审查租赁合同的内容，包括租赁期限、租金支付方式、违约责任等条款，以确认租赁合同是否真实有效，是否存在恶意串通损害他人利益的情况。
通知承租人：
- 拍卖机构或法院应在拍卖前合理时间内通知承租人房屋将被拍卖的事实，并告知承租人其享有的权利，如优先购买权（在同等条件下）、继续租赁的权利（在租赁合同有效期内）等。
协商解决方案：
- 与承租人协商，看是否能够达成提前解除租赁合同的协议，并给予承租人合理的补偿。如果承租人同意继续租赁，新的买受人应与承租人重新签订租赁合同或确认继续履行原租赁合同。
拍卖公告中明确披露：
- 在拍卖公告中应明确披露房屋存在租赁关系的情况，包括租赁期限、租金支付情况等关键信息，以便潜在买受人充分了解房屋的实际状况，做出合理的决策。
法院裁定与执行：
- 如果承租人在拍卖过程中提出异议或主张权利，法院应根据具体情况进行裁定。在执行过程中，应确保承租人的合法权益得到保障，同时维护买受人的合法权益。若承租人拒绝腾退，买受人可通过法律途径维护自身权益，如向法院提起诉讼，要求承租人搬离房屋并赔偿相应损失。
三、注意事项
保护承租人权益：
- 在处理被拍卖房屋的租赁关系时，应充分保护承租人的合法权益，避免因其无法预见房屋被拍卖而遭受损失。
遵循法定程序：
- 整个处理过程应遵循法定程序，确保拍卖活动的合法性和公正性。法院在拍卖时应在公告中明确披露房屋存在租赁情况及相关风险。
考虑特殊情况：
- 对于存在特殊情况的房屋（如长期租赁、高额装修费用等），应更加谨慎地处理租赁关系，以避免引发不必要的纠纷和损失。
综上所述，当司法拍卖的房屋存在租赁关系时，需根据租赁合同的签订时间、合同的真实有效性以及拍卖的相关程序来综合处理。在处理过程中，应充分保护承租人和买受人的合法权益，遵循法定程序，确保拍卖活动的合法性和公正性。