当企业注销时，若存在员工欠款（如欠薪）的情况，员工可以通过以下途径来维护自己的合法权益：
一、确认公司注销程序的合法性
首先，员工需要确认公司注销程序是否合法。如果公司在注销时未依法进行清算，或者未对职工工资等债务进行妥善处理，那么公司的股东、清算组成员等可能需要对公司债务承担清偿责任。员工可以收集相关证据，如公司注销公告、清算报告等，以证明公司注销时存在程序瑕疵。
二、向劳动监察部门投诉
员工可以向当地劳动监察部门投诉，提供劳动合同、工资条、考勤记录等能证明劳动关系和欠薪的材料。劳动监察部门会对公司进行调查，并责令其支付欠薪。即使公司已经注销，劳动监察部门仍可对其在经营期间的违法行为进行查处。
三、申请劳动仲裁
如果劳动监察部门无法解决问题，员工可以向劳动仲裁机构申请仲裁。在申请仲裁时，员工需要将公司股东等责任主体列为被申请人，要求其支付工资。仲裁机构会依法审理案件，如果员工胜诉，会要求公司（或其股东等责任主体）支付欠薪及可能的经济补偿。
四、向法院起诉
如果对仲裁结果不满意，员工可以在规定时间内向法院起诉。法院会依法进行审理，并作出判决。如果公司拒不执行法院判决，员工可以申请强制执行。此外，如果发现公司注销前存在隐瞒债务等违法情形，债权人还可以起诉公司原股东、实际控制人等相关责任主体承担清偿责任。
五、特别注意事项
案例参考
以山东嘉祥的案例为例，某公司注销后拖欠员工工资，员工通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁并最终向法院起诉的方式，成功追回了欠薪。在这个过程中，检察院也发挥了重要作用，通过监督程序确保了员工的合法权益得到维护。
综上所述，当企业注销时存在员工欠款的情况，员工应通过合法途径积极维护自己的权益。