行政诉讼是可以起诉交通运输局的。当您认为交通运输局的具体行政行为（如违规罚款、扣车、作出不合理的施工许可决定等）侵害了您的合法权益时，您有权向法院提起行政诉讼。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、行政诉讼的法律依据
根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。交通运输局作为行政机关，其作出的具体行政行为如果违反了法律规定或者侵犯了您的合法权益，您当然可以提起行政诉讼。
二、起诉交通运输局的具体情形
违规罚款或扣车：如果您认为交通运输局在执法过程中存在违规罚款或扣车等行为，且这些行为没有合法依据或者程序违法，您可以向法院提起行政诉讼，要求撤销这些行政行为或者要求赔偿损失。
施工许可决定：以【以案释法】夏某等6人对某市交通局和交通运输部的行政诉讼案为例，如果交通运输局作出的施工许可决定影响了您的相邻权、土地承包权等合法权益，且您认为该决定不符合法律规定或者程序违法，您同样可以提起行政诉讼。
其他具体行政行为：除了上述情形外，如果交通运输局作出的其他具体行政行为（如行政处罚、行政强制等）侵犯了您的合法权益，您也可以依法提起行政诉讼。
三、起诉交通运输局的流程和注意事项
准备起诉状：您需要准备一份行政起诉状，写明原告、被告的基本信息，诉讼请求（如撤销交通运输局的某具体行政行为、要求赔偿损失等），以及事实与理由。
收集证据：您需要收集相关证据来支持您的诉讼请求，如交通运输局作出的行政行为决定书、通知书等文件，以及证明其行政行为存在违法性的证据（如现场影像、交流记录、证人证言等）。
向有管辖权的法院提交起诉状和证据：通常，您需要向交通运输局所在地的基层法院提交起诉状和证据。法院在受理后会安排开庭审理。
参加庭审并表达观点：在庭审过程中，您需要清晰表达自己的观点，出示证据，并回答法院和对方当事人的提问。
遵守诉讼时效：请注意，行政诉讼一般有时效限制，通常为六个月。您需要在规定的时效内提起诉讼，否则可能会丧失诉讼权利。
四、可能的法律后果
如果法院支持您的诉讼请求：交通运输局作出的具体行政行为可能会被撤销或者变更，您可能会获得相应的赔偿或者补偿。
如果法院不支持您的诉讼请求：您需要接受法院的判决结果，并可以考虑是否上诉或者采取其他法律途径来维护自己的权益。
在处理此类法律问题时，务必确保所有步骤和程序都符合法律规定。如果您在起诉交通运输局的过程中遇到任何问题或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。