在机动车交通事故责任纠纷中，确实存在适用扣减残值的情况。以下是对这一问题的详细分析：
一、残值归属与扣减的法律依据
根据《中华人民共和国保险法》第五十九条的规定，保险事故发生后，保险人已支付了全部保险金额，并且保险金额等于保险价值的，受损保险标的的全部权利归于保险人。这意味着，在交通事故中，如果车辆因事故受损达到报废状态，且保险公司已经全额赔偿了车辆损失，那么车辆的残值（即报废车辆的剩余价值）将归属于保险公司。在这种情况下，保险公司赔款时会扣减残值。
二、残值扣减的具体情况
车辆全部损失达到报废状态：
- 如果车辆因交通事故全部损失，达到报废状态，且保险公司已经全额赔偿了车辆损失，那么车辆将归保险公司所有，保险公司会扣减相应的残值。
受损车辆不能交付保险公司：
- 如果受损车辆目前不能交付给保险公司，法院会根据车辆事故受损价值鉴定报告，在赔偿金额中扣除车辆受损残值的金额。这是为了确保赔偿金额的合理性，避免保险公司因车辆残值而遭受损失。
保险公司仅答辩要求车辆残值归属：
- 如果保险公司仅答辩要求车辆残值归属公司，但车辆无法交付，且保险公司不申请残值鉴定，那么保险公司可能承担败诉的风险。因为在此情况下，法院无法确定车辆残值的具体金额，从而无法在赔偿金额中进行扣减。
三、残值影响因素与评估方法
- 残值影响因素：包括汽车品牌、车辆品质、车辆认知度、后市场延续等因素，以及车辆使用时间、行驶里程、驾驶习惯、保养水平、是否发生过重大事故等。这些因素都会影响车辆的残值率。
- 残值评估方法：汽车残值的估价有许多方法，如收益现值法、重置成本法、现行市价法以及清算价格法等。其中，重置成本法是最为基础且简便易行的方法。它通过计算被评估车辆的现时价格（即重置成本乘以成新率）来确定车辆的残值。
四、法律建议
- 对于车主：在发生交通事故后，应及时与保险公司沟通，了解车辆残值的处理方式。如果车辆达到报废状态，应配合保险公司进行残值评估和处理，以确保自己的合法权益不受侵害。
- 对于保险公司：在处理交通事故赔偿时，应严格按照法律规定和合同约定进行残值扣减。同时，应积极与车主沟通，确保残值处理的透明度和合理性。
总结来看，机动车交通事故责任纠纷中确实存在适用扣减残值的情况。这主要取决于车辆受损程度、保险公司赔偿情况以及残值归属等因素。在处理此类纠纷时，应严格按照法律规定和合同约定进行操作，以确保双方的合法权益得到保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。