结论：法人要注销店铺但实际控制人不同意的情况下，不能直接注销，需通过协商、股东会决议或法律途径解决分歧。

分析：

1. 法人地位与决策权：

   • 法人作为法律实体，其注销需遵循法定程序和公司章程规定。通常，注销决定需由公司权力机构（如股东会或董事会）作出，并由法定代表人执行。
   • 若法人（即公司）的章程或股东协议中明确规定了注销店铺的决策程序，包括需要多少比例的股东同意等，则应遵循这些规定。

2. 实际控制人的角色：

   • 实际控制人虽不直接担任公司法人或董事职务，但可能通过持有股份、协议控制或其他方式对公司产生重大影响。
   • 实际控制人的不同意，可能反映了其对公司未来发展的不同看法或利益考量。这种分歧需要通过公司内部治理机制来解决。

3. 解决分歧的途径：

   • 协商：首先，法人代表和实际控制人应尝试通过协商达成一致。协商过程中，可以探讨注销店铺的原因、影响及替代方案等。
   • 股东会决议：若协商无果，可按照公司章程规定召开股东会，就注销店铺事宜进行表决。表决结果应符合公司章程规定的通过比例。
   • 法律途径：若股东会无法形成有效决议，或实际控制人采取阻碍行为，法人代表可考虑通过法律途径解决，如提起诉讼要求确认注销决议的有效性或请求法院判决实际控制人停止阻碍行为。

4. 法律后果与风险提示：

   • 若法人未经合法程序擅自注销店铺，可能面临法律责任，包括但不限于赔偿损失、承担违约责任等。
   • 实际控制人若采取非法手段阻碍法人行使权利，也可能面临法律制裁。

建议：

• 在处理此类分歧时，建议首先查阅公司章程和股东协议，明确注销店铺的决策程序和要求。
• 尝试通过协商达成一致，以维护公司内部和谐和稳定。
• 若协商无果，应及时召开股东会并按照法定程序进行表决。
• 如遇法律障碍或实际控制人采取非法手段，应及时咨询专业律师并考虑通过法律途径解决。

后续行动指南：

• 整理公司章程、股东协议等相关文件，明确注销店铺的决策程序和要求。
• 与实际控制人进行沟通，尝试通过协商达成一致。
• 若协商无果，按照公司章程规定召开股东会并表决注销事宜。
• 如遇法律问题或障碍，及时向我咨询并寻求法律帮助。