结论前置：针对您提出的问题，即自家土地承包给别人还有一年到期，但国家引水工程临时占用三年，赔偿款承包人要一年的情况，赔偿款的分配应综合考虑土地承包合同、临时占用情况以及相关法律法规。一般来说，赔偿款应主要归属于土地所有权人，但承包人因工程占用导致的损失也应得到合理补偿。
一、法律关系分析
土地承包合同关系：
- 您作为土地所有权人，与承包人之间签订了土地承包合同，明确了双方的权利和义务，包括承包期限。
- 在承包期限内，承包人享有土地的使用权，但土地的所有权仍归您所有。
临时占用关系：
- 国家引水工程因建设需要，临时占用了您的土地，这构成了对您土地使用权的临时限制。
- 临时占用期间，您作为土地所有权人，有权获得相应的赔偿。
二、赔偿款分配原则
土地所有权人权益：
- 作为土地所有权人，您因土地被临时占用而遭受了损失，包括土地使用权的受限、可能的土地价值贬损等。
- 因此，您有权获得大部分或全部的赔偿款，以弥补您的损失。
承包人权益：
- 承包人在承包期限内享有土地的使用权，但因国家引水工程的临时占用，其使用权受到了限制。
- 如果承包人因工程占用导致了直接的经济损失（如作物损失、设施损坏等），其有权获得相应的补偿。
- 然而，这种补偿应限于承包人因工程占用而实际遭受的损失，且不应超过赔偿款总额中合理分配的部分。
三、具体分配建议
协商分配：
- 您与承包人可以协商确定赔偿款的分配方式，考虑双方的实际损失和权益。
- 协商时，可以参考类似案例的赔偿标准，以及当地的相关政策法规。
法律途径解决：
- 如果协商不成，您可以考虑通过法律途径解决争议。
- 可以向当地的人民法院提起诉讼，请求法院根据事实情况、相关法律法规以及公平原则，判决赔偿款的合理分配。
四、注意事项
- 保留证据：在处理此类纠纷时，务必保留好相关证据，如土地承包合同、临时占用通知、损失评估报告等。
- 及时咨询：由于法律问题具有复杂性和专业性，建议您在处理过程中及时咨询专业律师，如我赵小宝，以确保您的权益得到充分保障。
最后，针对您的情况，赔偿款的分配并非简单地将一年赔偿款给承包人，而是应综合考虑双方的实际损失和权益。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。