结论：开车时车辆突然故障停到大道中间并开启双闪灯，在两分钟内通常不会被视为违法并扣分，但具体是否违法及扣分需根据实际情况和交通法规综合判断。
一、关于违法性的分析
紧急情况下的停车：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，机动车在道路上发生故障，需要停车排除故障时，驾驶人应当立即开启危险报警闪光灯（即双闪灯），将机动车移至不妨碍交通的地方停放；难以移动的，应当持续开启危险报警闪光灯，并在来车方向设置警告标志等措施扩大示警距离，必要时迅速报警。
- 在您描述的情况下，如果车辆突然故障且无法移动，您及时开启了双闪灯，这符合法律规定的紧急情况下的停车要求。
停车时间与位置：
- 停车两分钟本身并不直接构成违法，关键在于停车的位置是否妨碍了其他车辆和行人的通行。如果车辆停在道路中间且未设置警告标志，可能会妨碍交通，从而构成违法。
- 但考虑到您描述的是“突然故障”且“开双闪”，并假设您在可能的情况下迅速采取了设置警告标志等措施（尽管未明确提及），那么这种停车行为在紧急情况下通常是被理解的。
交通管理部门的裁量权：
- 交通管理部门在处理此类情况时，会综合考虑多种因素，如故障的严重性、停车时间的长短、是否设置了警告标志、是否及时报警等。
- 如果交通管理部门认为您的行为虽然违反了某些规定，但属于紧急情况下的必要措施，且未造成严重后果，可能会不予处罚或从轻处理。
二、关于扣分的分析
扣分依据：
- 扣分通常基于具体的交通违法行为，如超速、闯红灯、不按规定车道行驶等。
- 在您描述的情况下，如果交通管理部门未认定您的行为构成违法，或者虽然构成违法但属于情节轻微、未造成严重后果的，通常不会扣分。
扣分可能性：
- 如果交通管理部门认为您的行为违反了交通法规，且情节严重（如长时间停车、未设置警告标志、造成交通拥堵等），则可能会根据具体情况扣分。
- 但考虑到您描述的是“突然故障”且“开双闪”并“停两分钟”，在紧急情况下且未造成严重后果的，扣分的可能性相对较低。
三、建议与注意事项
及时采取措施：
- 在车辆发生故障时，应立即开启双闪灯，并尽可能将车辆移至不妨碍交通的地方停放。
- 如果无法移动，应在来车方向设置警告标志，并迅速报警。
保留证据：
- 如果可能的话，可以拍照或录像记录故障情况和停车位置，以备不时之需。
配合交通管理部门处理：
- 如果交通管理部门对您的行为进行调查或处理，应积极配合并提供相关证据和说明。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。