夫妻长期分居起诉离婚时，可以申请查询对方的银行流水，但需满足一定条件。

一. 申请查询银行流水的条件

• 合理怀疑：申请人需有合理的怀疑依据，认为对方可能存在转移、隐匿夫妻共同财产的行为。例如，发现对方在分居期间有大额资金流动且无法说明合理用途，或存在其他隐匿财产的嫌疑。
• 必要性说明：申请人需向法院提交书面申请，并详细说明查询银行流水的目的、必要性和相关线索，如开户银行、大致时间段等。这是为了证明查询银行流水对于案件审理的重要性。

二. 申请流程与法院审查

• 提交申请：当事人或其诉讼代理人需将书面申请提交至受理案件的法院，由法院进行审查。
• 法院审查：法院会对申请进行严格审查，考虑是否属于离婚案件的必要证据、是否侵犯对方合法权益等因素。若法院认为申请合理且与案件紧密相关，会依法向相关银行发出调查令。
• 调查取证：银行在收到法院的调查令后，会按照要求提供指定时间段的银行流水记录。

三. 法律依据

• 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第六十七条，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。这为申请查询银行流水提供了法律依据。

四. 注意事项

• 尊重隐私权：在申请查询银行流水时，应尊重对方的隐私权，不得滥用查询权利，以免构成对他人合法权益的不当侵犯。
• 综合证据链：银行流水作为单一证据可能不足以充分证明当事人的主张，应结合其他证据（如聊天记录、转账凭证等）共同形成完整的证据链。

综上所述，夫妻长期分居起诉离婚时，若满足一定条件，可以申请查询对方的银行流水。但需注意遵守相关法律法规和程序，确保操作的合法性和有效性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。