超限处罚主体之所以是公司，主要是基于以下几个方面的原因：

1. 公司作为运输管理的责任主体：

   • 公司在货物运输中扮演着组织、管理和监督的角色。根据相关法律法规，公司应当建立健全的安全生产责任制，对所属车辆和驾驶员进行管理和教育，确保运输活动符合法律法规的要求。
   • 当公司所属车辆出现超限超载等违法行为时，说明公司在运输管理上存在疏漏或不足，因此公司应当承担相应的法律责任。

2. “一超四罚”制度的实施：

   • 为有效治理货车超限超载问题，我国实施了“一超四罚”制度。该制度规定，对超限超载行为的运输车辆、驾驶人、货运企业和承运人（源头企业）均要实行处罚。
   • 其中，对于货运企业，如果1年内本企业超限运输车辆超过总数的10%，将面临停业整顿的处罚；情节严重的，还将被吊销《道路运输经营许可证》。这一制度明确了公司在超限处罚中的主体地位。

3. 维护道路交通安全和公路设施完好：

   • 超限超载运输是公路安全的重大隐患，对道路交通安全造成极大威胁，同时也会对公路设施造成严重破坏。
   • 为维护安全规范、公平有序的交通运输市场秩序，确保道路交通安全和公路设施完好，对超限超载行为进行严厉打击是必要的。而公司作为运输管理的责任主体，自然成为处罚的重点对象。

综上所述，超限处罚主体是公司，是因为公司在运输管理中承担着重要责任，且“一超四罚”制度明确了公司在超限处罚中的主体地位。同时，为维护道路交通安全和公路设施完好，对超限超载行为进行严厉打击也是必要的。如果公司在运输管理中存在疏漏或不足，导致所属车辆出现超限超载等违法行为，公司将面临相应的法律责任。