股权股东代持主张无效，一般应向人民法院提起诉讼来确认其无效，而非向某个特定部门申诉。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律途径：向人民法院提起诉讼
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，股权代持协议若存在违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗等情形，可能被认定为无效。当您认为股权代持协议无效时，应通过法律途径，即向人民法院提起诉讼，请求法院确认该协议无效。
诉讼流程：
- 准备起诉材料：包括起诉状、证据材料（如代持协议、付款凭证、股东名册等）以及原告的身份证明等。
- 提交起诉材料：将起诉材料提交至有管辖权的人民法院，通常是被告住所地或者合同履行地的人民法院。
- 法院受理与审理：法院在收到起诉材料后，会进行审查，符合受理条件的，会予以受理，并安排开庭审理。
- 判决与执行：法院经过审理后，会作出判决。如果判决确认代持协议无效，那么您可以依据判决结果，要求相关方返还财产、赔偿损失等。
二、非法律途径的考量（一般不适用）
虽然向人民法院提起诉讼是确认股权代持协议无效的主要途径，但理论上，您也可以尝试通过其他非法律途径来解决问题，如协商、调解等。然而，这些途径通常无法直接确认协议的法律效力，且在实际操作中可能面临诸多困难。
协商：
- 您可以尝试与代持人进行协商，看是否能够达成一致意见，解除代持关系或者对代持协议进行修改。但协商的结果往往缺乏法律强制力，如果一方不履行协商结果，另一方仍需通过法律途径来维护自己的权益。
调解：
- 您可以寻求第三方调解机构的帮助，如人民调解委员会等。调解机构会组织双方进行调解，试图达成和解协议。但同样，调解协议的法律效力也相对较弱，如果一方不履行调解协议，另一方仍需通过法律途径来解决。
三、注意事项与建议
及时咨询专业律师：
- 在处理股权代持协议无效的问题时，建议您及时咨询专业律师。律师可以根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和诉讼策略。
保留相关证据：
- 在诉讼过程中，证据的收集和保留至关重要。您应尽可能收集并保留与代持协议相关的所有证据，如协议文本、付款凭证、股东名册、通信记录等。
注意诉讼时效：
- 根据法律规定，民事权利受到侵害后，应在法定的诉讼时效期间内提起诉讼。因此，您应注意诉讼时效的问题，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
如果您在处理股权代持协议无效的问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况为您提供专业的法律意见和帮助。