投资者保护机构自己持股的情况下，是可以代表诉讼的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《证券法》第九十四条第三款的规定：“发行人的董事、监事、高级管理人员执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定给公司造成损失，发行人的控股股东、实际控制人等侵犯公司合法权益给公司造成损失，投资者保护机构持有该公司股份的，可以为公司的利益以自己的名义向人民法院提起诉讼，持股比例和持股期限不受《中华人民共和国公司法》规定的限制。” 这一条款明确赋予了投资者保护机构在特定情况下代表公司进行诉讼的权利。
二、具体理解
持股要求：投资者保护机构提起股东代表诉讼的前提是持有该公司的股份。但与其他股东不同的是，其持股比例和持股期限不受《公司法》中“股份有限公司连续一百八十日以上单独或者合计持有公司百分之一以上股份”的限制。这意味着，即使投资者保护机构持股比例较低或持股时间较短，也有权提起诉讼。
诉讼对象：投资者保护机构提起股东代表诉讼，主要针对的是发行人的董事、监事、高级管理人员、控股股东、实际控制人等侵犯公司利益、给公司造成损失的行为。这些行为通常包括但不限于违反法律、行政法规或公司章程的规定，以及利用职权或影响力损害公司利益等。
诉讼利益归属：虽然投资者保护机构是以自己的名义提起诉讼，但诉讼利益最终归属于公司。这意味着，如果诉讼成功，公司将成为受益人，获得相应的赔偿或补偿。
三、实际操作建议
确认持股情况：在提起诉讼前，投资者保护机构应确认自己是否持有该公司的股份，以及持股比例和持股期限是否符合法律规定。虽然不受《公司法》限制，但仍需确保自身具备提起诉讼的资格。
收集证据：投资者保护机构应收集充分的证据来证明被告的行为违反了法律、行政法规或公司章程的规定，并给公司造成了损失。这些证据可能包括财务报表、合同文件、电子邮件、会议记录等。
选择合适的诉讼策略：根据案件的具体情况，投资者保护机构应选择合适的诉讼策略。例如，可以考虑是否与其他股东联合提起诉讼，或者是否寻求专业律师的帮助来制定诉讼方案。
关注诉讼进展：在诉讼过程中，投资者保护机构应密切关注诉讼进展，及时与法院沟通并提交相关证据。同时，也应做好应对被告可能提出的反诉或抗辩的准备。
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