针对您提出的“股东为公司行使代位权诉讼，在开庭时公司自己行使诉权，代位权诉讼应如何处理”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

一、股东代位诉讼权的基本概念

股东代位诉讼权，又称“股东派生诉讼”，是指当公司利益受到侵害而公司怠于或拒绝通过法律途径追究责任时，符合条件的股东有权以自己的名义代表公司对侵害人提起诉讼，以维护公司的合法权益。这一制度的核心在于弥补公司治理中的监督失灵，防止董事、高管或其他第三方的不当行为损害公司及中小股东的利益。

二、股东代位诉讼的行使条件

根据《中华人民共和国公司法》第151条的规定，股东行使代位诉讼权需满足以下条件：

1. 主体资格：有限公司股东（无持股比例限制）或股份公司连续180日以上持股1%以上的股东。
2. 前置程序：股东需先向公司监事会/董事会提出书面请求，要求其提起诉讼。若监事会/董事会拒绝提起诉讼，或自收到请求之日起30日内未提起诉讼，或情况紧急、不立即提起诉讼将会使公司利益受到难以弥补的损害的，股东才有权直接提起诉讼。
3. 目的限制：诉讼结果必须归属于公司，而非股东个人。

三、公司自行行使诉权时的处理

在股东提起代位诉讼后，若公司自行行使诉权，这通常意味着公司内部治理机制已经启动，且公司认为自身有能力或更适宜处理该诉讼。此时，股东代位诉讼的处理方式如下：

1. 诉讼中止或撤诉：若公司已经提起诉讼，且该诉讼与股东代位诉讼的标的、请求相同，股东可以考虑向法院申请中止其代位诉讼，或主动撤诉。因为公司作为直接利害关系人，其诉讼行为通常更具权威性和效率性。
2. 诉讼合并或协调：若公司提起的诉讼与股东代位诉讼存在部分重叠或关联，法院可以考虑将两案合并审理，或协调两案的审理进度和结果，以避免重复诉讼和资源浪费。
3. 股东权利保障：即使公司自行行使诉权，股东仍有权关注诉讼进展，并在必要时向法院提出意见或申请参与诉讼。若公司诉讼行为存在不当或损害公司利益的情况，股东仍可依法采取相应措施。

四、建议与风险防范

1. 完善公司治理：公司应完善内部治理机制，确保监事会、董事会等机构能够切实履行职责，及时对公司利益受损情况进行调查和处理。
2. 股东监督与参与：股东应积极关注公司经营状况，定期查阅公司章程、财务报告等文件，发现异常情况及时提出质疑并要求公司解释或处理。
3. 法律咨询与援助：在涉及复杂法律问题时，股东或公司可寻求专业法律咨询或援助，以确保诉讼行为的合法性和有效性。

综上所述，当股东为公司行使代位权诉讼后，公司自行行使诉权时，应优先考虑诉讼的中止、撤诉或合并审理等协调方式，以确保诉讼的效率和公正性。同时，股东和公司均应加强内部治理和监督，防范法律风险的发生。