多年前签订的家庭房产协议，是否会被法院执行，取决于多个因素，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、协议性质与效力
内部效力：家庭房产协议，如果是夫妻双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议在夫妻双方之间是具有法律效力的。这意味着，协议约定的房产归属，对夫妻双方具有约束力。
外部效力：然而，家庭房产协议的外部效力，即能否对抗第三人（如债权人），则取决于协议是否进行了公示（如房产过户、公证等）。如果协议仅在夫妻双方之间签订，并未进行任何公示，那么该协议通常不能对抗第三人。
二、房产登记情况
登记在被执行人名下：如果房产登记在被执行人（如夫妻中的一方）名下，且该房产属于被执行人的个人财产或夫妻共同财产中应归被执行人所有的部分，那么法院在执行过程中，有权查封、拍卖该房产。此时，即使存在家庭房产协议，约定该房产归另一方所有，该协议也不能直接导致物权变动，不能对抗法院的执行。
已过户或公示：如果房产已经按照家庭房产协议的约定，过户到了另一方名下，或者进行了公证等公示手续，且该过户或公示行为符合法律规定，那么该房产通常不再属于被执行人的财产，法院在执行过程中，一般不能查封、拍卖该房产。
三、债务性质与执行依据
个人债务：如果被执行人所负债务为其个人债务，与另一方无关，那么法院在执行过程中，应仅执行被执行人的个人财产，而不能执行另一方的财产。此时，如果家庭房产协议约定房产归另一方所有，且该房产不属于被执行人的财产，那么法院不应执行该房产。
共同债务：如果被执行人所负债务为夫妻共同债务，那么法院在执行过程中，有权执行夫妻共同财产中应归被执行人所有的部分。此时，即使存在家庭房产协议，约定该房产归另一方所有，但如果该房产属于夫妻共同财产，且被执行人享有相应的份额，那么法院仍有可能执行该房产中应归被执行人所有的部分。
四、法律建议
完善协议与公示：为了确保家庭房产协议的效力，建议夫妻双方在签订协议时，明确约定房产的归属，并进行公证或过户等公示手续。这样，在面临法院执行时，可以更好地维护自己的权益。
及时提出执行异议：如果认为法院的执行行为侵犯了自己的合法权益，如执行了不属于被执行人的财产，可以及时向法院提出执行异议。在提出执行异议时，应提供充分的证据证明自己对执行标的是否具有足以阻止执行的实体权利。
寻求专业法律帮助：在处理涉及家庭房产协议和法院执行的问题时，建议寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况，提供针对性的法律建议和解决方案。
案例参考：在某起执行案件中，被执行人未能履行生效判决确定的义务，法院依法查封了其名下的房产。案外人（被执行人的配偶）以与被执行人签订了家庭房产协议为由，提出执行异议，认为该房产归其所有。但法院经审理认为，该协议仅对夫妻双方有效，不能对抗其他债权人，且房产登记在被执行人名下，因此驳回了案外人的异议请求。这一案例说明了家庭房产协议在面临法院执行时的局限性。