小女儿可以起诉，但起诉的依据和结果需视具体情况而定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、起诉的法律依据

1. 物权法相关原则（虽原《物权法》已废止，但相关原则在《民法典》中得以延续）：

   • 房产证上的份额分配代表了各方对房产的物权比例。大女儿占99.2%，父亲占0.8%，若房产登记中未明确小女儿的份额，则从法律上讲，小女儿并不直接拥有该房产的物权份额。
   • 但若小女儿认为房产的份额分配存在不公或侵犯其合法权益（如继承权、赠与权等），她可以依据相关法律规定提起诉讼。

2. 继承法相关原则（原《继承法》已废止，相关内容纳入《民法典》继承编）：

   • 如果房产是父亲与母亲共同财产，且母亲已去世，那么小女儿作为法定继承人之一，有权继承母亲应得的房产份额。
   • 若父亲在未经小女儿同意的情况下，擅自将房产大部分份额赠与大女儿，且该赠与行为侵犯了小女儿的继承权，小女儿可以提起诉讼要求撤销赠与或确认其继承权。

3. 家庭财产纠纷处理：

   • 家庭成员之间的财产纠纷，可以通过协商、调解或诉讼等方式解决。
   • 若小女儿认为房产份额分配不公，且无法通过协商或调解解决，她可以选择向法院提起诉讼。

二、起诉的可能结果

1. 若起诉基于继承权：

   • 法院将审查房产的来源、继承人的资格和继承份额的分配是否合法。
   • 若小女儿能证明其继承权被侵犯，法院可能会判决调整房产份额分配，以保障其合法权益。

2. 若起诉基于其他权益（如赠与合同无效等）：

   • 法院将审查赠与合同的合法性、有效性以及是否侵犯了小女儿的合法权益。
   • 若赠与合同存在违法或无效情形，法院可能会判决撤销赠与或确认小女儿的相应权益。

3. 若起诉缺乏法律依据：

   • 若小女儿无法提供充分的证据证明其权益被侵犯，或起诉的依据不充分，法院可能会驳回其诉讼请求。

三、建议与注意事项

1. 收集证据：

   • 小女儿在起诉前应尽可能收集相关证据，如房产证、继承文件、赠与合同、家庭协议等，以证明其权益被侵犯。

2. 咨询专业律师：

   • 在起诉前，小女儿应咨询专业律师，了解其权益和可能的诉讼结果，以便做出更明智的决策。不过，既然你已经在向我咨询，我会为你提供详细的法律分析和建议。

3. 考虑调解：

   • 在诉讼前，小女儿可以尝试与父亲和大女儿进行调解，以达成和解协议，避免不必要的法律纠纷。

4. 注意诉讼时效：

   • 小女儿应注意诉讼时效的问题，确保在法定的诉讼时效期间内提起诉讼。