核心前提：职权转移通常涉及行政机关或执法部门的职能调整，可能因机构改革、法律修订或政策调整引发。案件处理需结合职权转移的性质（如整体转移、部分转移或临时委托）及案件所处阶段（如立案、调查、执行）综合判断。
结论与分情况说明：
若职权转移为法定整体转移（如原部门职能完全划归新部门）
- 未结案件：原则上由承接职权的新部门继续处理，原部门需完成案件材料、证据的移交，并通知当事人。例如，根据《行政处罚法》第24条，行政处罚权由一个行政机关行使的，原机关不得再行使，已立案案件应移交新机关。
- 已结案件：归档责任仍属原部门，但若当事人对结果不服提起复议或诉讼，新部门可能需作为被申请方或被告参与程序（视职权承接范围而定）。
- 例外情形：若转移涉及地方性法规或规章的特别规定（如某市环保局职权划归市生态环境局），需优先适用地方规定，但不得与上位法冲突。
若职权转移为部分转移或临时委托（如原部门保留部分职能，或委托其他部门代为执行）
- 未结案件：根据委托协议或职权划分文件确定处理主体。例如，若原部门仅将调查权委托新部门，则决定权仍属原部门，案件需由原部门最终处理。
- 已结案件：若当事人对委托处理结果有异议，原部门作为委托方仍需承担法律责任，但可依据委托协议向受托方追责。
- 程序衔接：需注意委托处理的合法性，根据《行政许可法》第24条，委托行政机关应对受委托机关的行为后果负责，且委托需向社会公告。
若职权转移涉及跨层级或跨区域调整（如中央部门职权下放至地方，或地方部门职权上收）
- 未结案件：通常由接收职权的下级或上级部门继续处理，但需考虑案件管辖的便利性。例如，若原为省级部门立案，现划归市级部门，市级部门可要求省级部门移交材料，但省级部门已采取的强制措施（如查封）可能需继续有效。
- 已结案件：若当事人对跨层级处理结果不服，复议机关或诉讼管辖法院可能需根据转移后的职权关系调整（如原由省政府复议，现可能由市政府复议）。
- 数据与系统衔接：需确保案件电子数据、执法系统的同步转移，避免因系统割裂导致处理中断。
实务建议：
- 当事人角度：若发现处理部门变更，可要求新部门出具职权承接的书面证明，并核实其处理权限（如通过政府官网查询职能调整公告）。
- 原部门角度：应制定详细的案件移交清单，包括当事人信息、证据材料、处理进度等，并留存移交记录备查。
- 新部门角度：接收案件后需及时通知当事人，并重新确认当事人的权利义务（如陈述申辩权、听证权），避免程序违法。
风险提示：职权转移期间若出现“真空期”（如原部门已停止处理，新部门未及时接管），可能导致案件超期或当事人权利受损，此时当事人可依据《行政诉讼法》第47条，要求相关部门在法定期限内履行职责或给予答复。
如有具体案件类型（如行政处罚、民事执行、刑事侦查）或转移文件依据，可进一步提供细节，我将结合实操案例深入分析。