机关事业单位人员二十五年前贪污，现在才被发现，司法机关是否会立案，需分情况讨论：

1. 若案件未过追诉时效，司法机关会立案

根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，犯罪经过下列期限不再追诉：

• 法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；
• 法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；
• 法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；
• 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。

贪污罪的法定刑根据贪污数额和情节的严重程度有所不同，可能涉及有期徒刑、无期徒刑甚至死刑。若二十五年前贪污的数额或情节对应的法定最高刑在十五年以上，且未经最高人民检察院核准追诉，则从法律上讲，该案件可能已过追诉时效。但若该贪污行为对应的法定最高刑为无期徒刑或死刑，且经过最高人民检察院核准，则司法机关仍会立案。此外，如果案件在追诉期限内又犯新罪，或者存在其他法定情形导致追诉期限延长，司法机关也会立案。

1. 若案件已过追诉时效且未经核准，司法机关通常不会立案

如前所述，若贪污行为对应的法定最高刑在十五年以下，且未经最高人民检察院核准追诉，则该案件已过追诉时效。在此情况下，司法机关通常不会对案件进行立案处理。但需要注意的是，即使案件已过追诉时效，如果行为人仍然存在其他违法行为或需要接受行政处罚等，相关部门仍可能对其进行处理。

1. 特殊情况下的立案可能性

   • 存在连续或继续状态：如果贪污行为存在连续或继续的状态，即行为人持续实施贪污行为直至被发现，那么追诉期限可能从最后一次贪污行为实施完毕之日起计算。在此情况下，即使从第一次贪污行为实施之日起已超过二十年，司法机关仍可能立案。
   • 司法机关已掌握证据：如果司法机关在追诉期限内已经掌握了行为人贪污的证据，但由于某些原因（如行为人逃匿、案件复杂等）未能及时立案，那么在追诉期限届满后，司法机关仍可能根据已掌握的证据对案件进行立案处理。不过，这种情况下的立案处理需要符合相关法律规定和程序要求。

法律建议：

• 对于涉及贪污等违法行为的机关事业单位人员，应尽早主动向相关部门说明情况，争取从轻或减轻处理。
• 如果案件已过追诉时效且未经核准，行为人仍应保持谨慎态度，避免再次涉及违法行为。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。