核心结论：若十六岁者与十三岁者在不知对方年龄的情况下发生性关系，十六岁者可能涉嫌违法，甚至可能构成强奸罪，需立即停止此类行为，并主动向公安机关说明情况，争取从轻或减轻处理。以下是具体分析：

1. 法律年龄界限：

   • 根据我国《刑法》及相关司法解释，与未满14周岁的幼女发生性关系，无论对方是否自愿，均以强奸罪论处，并从重处罚。这是基于对未成年人特殊保护的立法原则，旨在防止性侵害对未成年人身心造成不可逆的伤害。
   • 本案中，十三岁者属于法律定义的“幼女”范畴，即使十六岁者不知其年龄，也不影响法律对行为性质的认定。但“不知年龄”可能作为量刑时的从轻情节考虑。

2. 主观明知与过失的区分：

   • 若十六岁者通过合理方式（如询问、观察身份证件等）应知对方未满14周岁，仍与其发生性关系，则主观上属于“明知”，构成强奸罪。
   • 若十六岁者确实无法通过合理方式知晓对方年龄（如对方谎报年龄、外貌与实际年龄严重不符等），可能被认定为“过失”。但我国刑法中，与幼女发生性关系不区分故意与过失，均以强奸罪论处，只是过失可能影响量刑幅度。

3. 立即采取的措施：

   • 停止行为：无论当前是否构成犯罪，十六岁者应立即停止与十三岁者的任何性接触，避免事态进一步恶化。
   • 主动说明情况：建议十六岁者或其监护人主动向公安机关说明情况，如实陈述事实，包括是否知晓对方年龄、发生关系的过程等。主动投案并如实供述，可能构成自首，依法可从轻或减轻处罚。
   • 配合调查：在公安机关调查过程中，应积极配合，提供相关证据（如聊天记录、证人证言等），以证明自己确实不知对方年龄或无故意侵害的主观恶意。

4. 可能的法律后果：

   • 刑事处罚：若认定构成强奸罪，十六岁者可能面临三年以上十年以下有期徒刑的刑罚。但考虑到其年龄（未满18周岁）、主观恶性较小等因素，法院可能酌情从轻或减轻处罚，甚至适用缓刑。
   • 民事赔偿：除刑事责任外，十六岁者或其监护人还可能需承担对十三岁者的民事赔偿责任，包括医疗费、心理治疗费、精神损害抚慰金等。

建议：此类事件涉及未成年人权益保护，法律后果严重。建议十六岁者及其监护人高度重视，尽快咨询专业律师，制定应对策略，以最大限度维护自身合法权益，同时减少对十三岁者的伤害。如有进一步疑问，可直接向我提问。