贪污六万主动上缴纪委并在立案调查中，可以从轻处罚。以下是具体分析：

一. 主动上缴贪污款项的影响

1. 表明悔罪态度：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，犯罪嫌疑人在案发后主动上缴贪污款项，可以视为其有悔罪表现。这种悔罪态度是量刑时考虑的一个重要因素。
2. 可能减轻处罚：根据《最高人民法院关于贯彻宽严相济刑事政策的若干意见》，犯罪嫌疑人自首、积极退赃或者积极赔偿被害人经济损失等情节，可以酌情从轻处罚。因此，主动上缴贪污款项有可能导致从轻处罚。

二. 立案调查中的法律程序

1. 调查过程：纪委立案调查是法律程序的一部分，旨在查明事实真相，确定犯罪嫌疑人是否有罪以及罪行的严重程度。
2. 量刑考虑：在立案调查过程中，如果犯罪嫌疑人积极配合调查，如实供述罪行，这些情节也会在量刑时被考虑。

三. 从轻处罚的具体条件

1. 自首或坦白：根据《中华人民共和国刑法》第六十七条，犯罪嫌疑人自首或如实供述自己的罪行，可以从轻处罚。
2. 积极退赃：如前所述，积极退赃是量刑时考虑的一个重要因素，有可能导致从轻处罚。

综上所述，贪污六万后主动上缴纪委并在立案调查中，由于表明了悔罪态度并积极配合调查，有可能在量刑时从轻处罚。但具体能否从轻处罚以及从轻处罚的幅度，还需要根据案件的具体情况和法院的判断来确定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。