百年前未经批准占用集体土地修建祖坟的行为，在现行法律框架下属于违法，但需结合历史背景与现行规定综合判断。以下从法律适用、历史因素、法律后果三个角度展开分析：

一、现行法律对集体土地使用的规定

根据《中华人民共和国土地管理法》第二条：

中华人民共和国实行土地的社会主义公有制，即全民所有制和劳动群众集体所有制。任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。

同时，该法第四十四条明确：

建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。

结论：无论占用集体土地的目的是修建住宅、坟墓还是其他设施，均需依法取得审批。未经批准占用集体土地的行为，违反了土地管理法的强制性规定，属于违法行为。

二、历史因素对违法性认定的影响

1. 法律时效性：

   • 土地管理法于1986年颁布，历经多次修订，但“禁止非法占用土地”的核心原则始终未变。
   • 百年前的行为发生在现代土地管理制度建立之前，当时法律对集体土地的保护尚未形成完整体系。

2. 历史习惯与法律冲突：

   • 在农村地区，修建祖坟是传统习俗，部分地区可能存在“法不责众”或“历史遗留问题”的认知。
   • 但法律不因习惯而免除违法性，仅可能影响处罚力度或执行方式。

结论：历史行为虽发生在法律完善之前，但现行法律仍可能追溯其违法性，只是实践中可能考虑历史因素从轻处理。

三、法律后果与处理方式

1. 行政责任：

   • 根据《土地管理法》第七十七条，未经批准占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除或没收地上建筑物。
   • 但对百年前的祖坟，行政机关通常不会主动拆除，更多通过协商、补偿等方式解决。

2. 民事责任：

   • 若集体土地被占用导致其他村民权益受损（如耕地减少），占用者可能需承担赔偿责任。
   • 但祖坟作为特殊用途，实践中民事纠纷较少。

3. 刑事责任：

   • 仅在“非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏”时，才可能构成《刑法》第三百四十二条的非法占用农用地罪。
   • 祖坟占用一般不涉及耕地毁坏，刑事责任风险极低。

结论：百年前未经批准占用集体土地修建祖坟，虽属违法，但实际处理中更多通过协商、补偿等柔性方式解决，强制拆除或刑事追责的可能性较小。

四、建议与风险提示

1. 若祖坟面临拆迁或土地征收：

   • 需依法主张补偿权利，补偿标准可参考《土地管理法》第四十八条关于征收补偿的规定。
   • 建议提前与村委会或征收部门沟通，明确土地权属及补偿方案。

2. 若需维护祖坟权益：

   • 可通过家族会议形成书面协议，明确土地使用范围及管理责任。
   • 若涉及土地权属争议，可依据《土地管理法》第十四条申请政府确权。

3. 风险提示：

   • 避免在祖坟周边新建建筑物或扩大占用范围，否则可能构成新的违法行为。
   • 若集体土地被规划为其他用途（如建设用地），需配合政府调整，避免强制执行。

总结：百年前未经批准占用集体土地修建祖坟的行为，在现行法律下属于违法，但实际处理中会综合考虑历史因素、社会影响及当事人权益。若您面临具体纠纷（如拆迁、权属争议），建议提供更多细节，我将进一步为您分析法律风险及应对策略。