员工自离时，对于其已经提供的劳动，公司仍有义务支付工资。不过，具体支付情况可能受到劳动合同、公司内部规章制度以及法律法规的综合影响。以下从不同角度为您详细分析：

一、正常劳动报酬的获取

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》第九条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，劳动者只要提供了正常的劳动，无论离职方式如何，都有权获得相应的劳动报酬。这是基于劳动者付出的劳动价值所应得的权益，不因其离职方式的不同而被剥夺。

二、劳动合同约定的影响

如果劳动合同中有明确约定关于自离情况下工资支付的规定，那么应当按照合同约定执行。例如，合同可能规定自离员工不享受某些福利待遇或奖金，但基本工资仍需支付。这体现了劳动合同作为双方约定的重要法律文件，对双方权利义务的明确界定。不过，合同约定不能违反法律法规的强制性规定，否则相关条款可能被认定为无效。

三、公司内部规章制度的作用

公司内部的员工手册或规章制度可能包含对自离行为的处理规定，这些规定可能涉及工资的扣减、不发或其他相关措施。然而，这些规定必须合法，不能违反国家法律法规。如果公司内部规定与法律法规相冲突，应以法律法规为准。例如，公司不能规定自离员工一律不发工资，这样的规定是违法的。

四、可能的工资扣除情况

如果劳动者的自离行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求劳动者赔偿损失。根据《工资支付暂行规定》第十六条，这种损失赔偿可以从劳动者的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。需要注意的是，赔偿金额的确定应基于明确的证据和合理的计算，不能随意扣除工资。

五、维权途径与建议

• 对于员工：如果遭遇用人单位拒绝支付工资或违法克扣工资的情况，可以向当地劳动保障部门（如劳动监察大队）投诉，也可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。在维权过程中，应保留好相关证据，如工资条、劳动合同、工作记录等。
• 对于公司：应建立健全的工资支付制度和离职管理制度，确保员工离职时能够顺利结算工资。在处理员工自离造成的经济损失时，应遵循法律法规，合理合法地要求赔偿。同时，公司也应加强与员工的沟通，尽量减少自离情况的发生。

六、特殊情况说明

• 经济补偿：员工自离是否有经济补偿需视具体情况而定。一般而言，若用人单位存在过错，如未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等，员工以此为由自离，用人单位需支付经济补偿。补偿标准按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。若员工自行离职且用人单位无过错，则通常没有经济补偿。
• 地域差异：不同地区的法律法规对自离员工的工资支付问题可能有不同的规定。因此，在处理具体案件时，需要参考当地的法律法规，以确保处理的准确性和合法性。

综上所述，员工自离时是否有工资，需综合考虑劳动合同、公司内部规章制度以及法律法规的规定。在任何情况下，都应确保劳动者的合法权益得到保障，同时也应尊重用人单位的合法权益和经营管理秩序。如果您在自离工资支付方面遇到问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。