在水库设置拦鱼栅是违法的。具体来说，根据敦化市人民政府办公室发布的关于清除水库溢洪道拦鱼栅、加强水库安全运行管理的通知，水库溢洪道设置拦鱼栅严重违反水库安全运行管理相关规定，各相关单位需立即清除设置在溢洪道上的固定式、铁制拦鱼栅。这一规定是为了确保水库的安全运行，防止因拦鱼栅的设置而影响水库的正常泄洪功能，从而避免可能引发的安全事故。

从法律角度来看，虽然该通知属于地方政府文件，但其内容是基于水库安全运行管理的需要，对水库管理单位提出的具体要求。违反这一规定，不仅可能面临行政处罚，还可能因影响水库安全而承担更严重的法律责任。

因此，建议水库管理单位或相关个人严格遵守这一规定，及时清除设置在溢洪道上的拦鱼栅，确保水库的安全运行。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会提供专业的法律帮助。