小区内部商户的管理主要归属于物业服务企业，同时也受到相关政府部门和业主委员会的监督与指导。以下是对这一问题的详细解答：
物业服务企业的管理职责：
- 根据《物业管理条例》的相关规定，物业服务企业负责物业管理区域内的日常管理工作，包括商铺的物业管理。这意味着小区内部商户的日常运营、环境卫生、安全秩序等方面，主要由物业服务企业来负责管理和维护。
- 物业服务企业需要确保商户遵守物业管理规定，不得进行违法违规的经营活动，同时也有义务为商户提供必要的物业服务和支持。
相关政府部门的监督与指导：
- 住房和城乡建设部门（住建局/委）负责物业服务行业的总体监管，包括物业公司的资质审批和日常运营规范的监督。对于物业服务企业在管理小区内部商户过程中的违规行为，住建部门有权进行查处。
- 市场监督管理部门从经营角度对物业进行监督，确保物业公司收费规范，无乱收费现象，并对物业公司提供的商品或服务质量进行监管。
- 其他如消防部门、城市管理部门等也会根据各自职责，对小区内部商户的消防安全、城市容貌和秩序等方面进行监管。
业主委员会的监督与协调：
- 业主委员会代表业主的利益，与物业公司进行协商和监督。在小区内部商户的管理上，业主委员会有权对物业服务企业的管理行为进行监督，并提出意见和建议。
- 同时，业主委员会也可以协调物业服务企业与商户之间的关系，促进双方的合作与共赢。
综上所述，小区内部商户的管理主要由物业服务企业负责，但同时也受到相关政府部门和业主委员会的监督与指导。如果商户在经营过程中遇到任何问题或纠纷，可以首先向物业服务企业反映并寻求解决；若物业服务企业无法解决问题或存在违规行为，商户还可以向相关政府部门或业主委员会投诉并寻求帮助。