公司章程中约定股东除名条款，在符合法定条件和程序的情况下是有效的，但并非可以随意约定。以下从不同角度为您详细分析：

一、公司章程约定股东除名的合法性基础

公司章程作为股东基于平等、自愿、协商一致制定的内部规范，体现了股东的意思自治原则。根据《公司法》及相关司法解释，公司章程可以约定股东除名事项，但这一约定必须遵循公平原则，且除名事由应限于严重影响公司生产经营的“重大事由”。例如，股东存在严重损害公司利益的行为，经其他股东一致同意，可以将其除名。

二、股东除名条款的有效要件

1. 实体要件：

   • 重大事由：除名事由必须是对公司生产经营造成严重影响的“重大事由”，如股东严重违反公司章程、损害公司利益、抽逃出资等。不能仅因股东间的个人恩怨或普通矛盾等小事就将股东除名。
   • 公平原则：除名条款应基于公平原则，对股权进行相对平等的保护，不得直接或变相进行股权欺凌或股权压迫。

2. 程序要件：

   • 合法决议程序：即便要将某个股东除名，也要通过合法的决议程序进行。这通常包括召开股东会、提前通知股东、按照法定或章程规定的表决方式通过决议等。
   • 催告与申辩：在行使除名权前，应向相关股东进行催告，赋予其合理期限及申辩权利。这是保障股东合法权益的重要程序。

三、股东除名后的股权处理

股东被除名后，其空余出的股权应通过其他股东认购或者经过减资程序来消化掉。根据《公司法》的相关规定，依照前款规定丧失的股权应当依法转让，或者相应减少注册资本并注销该股权；六个月内未转让或者注销的，由公司其他股东按照其出资比例足额缴纳相应出资。

四、司法实践中的认定

司法实践中，法院对股东除名条款的效力认定较为严格。如果公司章程中的除名条款超出了现行法律所规定的解除股东资格的范围，或者违反了公平原则、程序要件等，该条款可能会被法院确认无效。例如，有案例中公司章程将“公司在办理银行融资等业务时不签字”、“年度内累计两次不参加股东会议”等作为除名事由，并对被除名股东的出资额是否退还进行了苛刻约定，最终被法院确认无效。

五、法律建议

1. 审慎制定除名条款：公司在制定章程时，应审慎考虑除名条款的设定，确保其符合法定条件和程序，且基于公平原则。
2. 完善内部救济机制：在行使除名权前，应穷尽公司内部救济机制，如通过协商、调解等方式解决股东间的矛盾。
3. 咨询专业律师：在制定或修改公司章程时，建议咨询专业律师，以确保章程的合法性和有效性。

如有具体案例或进一步疑问，欢迎直接向我咨询。我将根据您的实际情况，提供更为详细和专业的法律建议。