当您起诉公司违法解除劳动合同后，发现公司已经注销，这确实是一个复杂且棘手的情况。不过，您仍然可以通过法律途径来维护自己的合法权益。以下是一些详细的建议，希望能帮助到您：

一、追加清算主体为被告

在诉讼过程中，如果公司注销，您可以依据相关法律规定，追加清算主体为被告。清算主体通常指的是负责进行公司清算的机构或个人，他们需要承担公司注销前的债务清偿责任。这意味着，即使公司已经注销，您仍然有权要求清算主体对您的损失进行赔偿。

二、确认公司注销程序的合法性

在追加清算主体为被告的同时，您还需要确认公司注销程序的合法性。如果公司存在恶意注销等逃避债务的情形，您可以通过法律途径追究相关人员的责任。例如，如果公司未依法进行清算就擅自注销，那么有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人可能需要对公司债务承担清偿责任。

三、积极收集证据

为了证明您与公司的劳动关系以及劳动纠纷的事实，您需要积极收集相关证据。这些证据可能包括：

• 劳动合同：证明您与公司之间的劳动关系。
• 工资发放记录：证明您的工资收入情况。
• 工作证明：如工作证、考勤记录等，证明您在公司的工作情况。
• 其他相关证据：如与公司沟通的记录、解除劳动合同的通知等，证明公司违法解除劳动合同的事实。

四、及时行动以维护自身权益

面对公司注销的情况，您需要及时行动，以免错过诉讼时效或其他法律救济的机会。您可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和操作步骤，以便更好地维护自己的合法权益。

五、了解起诉费用及所需材料

在准备起诉时，您还需要了解起诉的费用以及所需材料。一般来说，劳动纠纷起诉的案件受理费较低，但申请保全措施时可能需要支付一定的费用。同时，您需要准备起诉状、证据材料、身份证明、送达地址确认书等材料。如果涉及劳动仲裁前置程序，还需要提交劳动仲裁裁决书等相关资料。

六、注意事项

• 确认清算程序：在办理过程中，要确认公司注销前是否依法进行了清算程序。
• 证据的真实性和完整性：收集并整理好充分的证据，确保证据的真实性和完整性，以证明自身权益及与公司的纠纷关系。
• 咨询专业律师：由于劳动纠纷涉及法律程序较多，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议。

总之，虽然公司注销给劳动纠纷的处理带来了一定的复杂性，但您仍然可以通过法律途径来维护自己的合法权益。希望以上建议能对您有所帮助。