核心结论：需根据摩托车被扣的具体原因采取不同处理措施，主要分为无证驾驶、车辆手续不全、涉嫌其他违法三种情形，具体处理方式如下：

1. 若因驾驶人无证驾驶被扣

• 法律责任：根据《道路交通安全法》第九十九条，无证驾驶机动车的，处200-2000元罚款，可并处15日以下拘留。若驾驶人拒绝接受处罚，公安机关可扣留车辆。
• 处理流程：
  1. 联系驾驶人确认是否已接受处罚（如罚款、拘留）；
  2. 若驾驶人未处理，您作为车主需携带身份证、行驶证、车辆登记证书到扣车单位（如交警队）说明情况；
  3. 证明您对驾驶人无证驾驶行为不知情（如未出借驾驶证、未指使驾驶），可避免承担连带责任；
  4. 缴纳罚款（如有）后，凭处罚决定书和车辆合法证明领回车辆。

2. 若因车辆手续不全被扣

• 常见情形：未悬挂号牌、未投保交强险、车辆未年检、拼装或报废车辆等。
• 处理流程：
  1. 补全手续：如补办号牌、购买交强险、完成年检等；
  2. 携带补全后的手续（如保险单、年检标志、行驶证）到扣车单位；
  3. 缴纳罚款（如未投保交强险罚款2倍保费，未年检罚款200元记3分）；
  4. 凭处罚决定书和补全手续领回车辆。

3. 若因涉嫌其他违法（如盗抢、肇事逃逸）被扣

• 法律风险：若车辆被用于犯罪活动，您作为车主可能面临车辆被没收、承担民事赔偿责任等风险。
• 处理流程：
  1. 立即向扣车单位了解扣车原因（如是否涉及案件）；
  2. 证明您对车辆被用于违法活动不知情（如车辆被盗抢后报案记录）；
  3. 配合公安机关调查，提供车辆购买凭证、使用记录等证据；
  4. 若车辆被认定为作案工具，可能需通过行政复议或诉讼主张权利。

关键提醒

• 车主责任：根据《民法典》第一千二百零九条，若您明知驾驶人无证或车辆存在安全隐患仍出借，需承担连带赔偿责任。
• 证据保留：处理过程中务必保留处罚决定书、缴费凭证、车辆合法证明等材料，以备后续维权。
• 时效性：一般扣车后需在30日内处理完毕，逾期车辆可能被依法拍卖或报废。

建议行动：立即联系扣车单位确认扣车原因，根据上述情形准备对应材料，尽快处理以避免损失扩大。如有疑问，可直接向我咨询具体细节。