对于监理单位未对施工单位的违法违规行为予以书面制止，但后来予以制止的情况，是否处罚需视具体情形和法律规定而定。以下从不同角度进行分析：
一、法律义务与责任
监理单位在建设工程中承担着重要的监督职责，包括对施工单位的违法违规行为进行制止和报告。根据《江苏省房屋建筑和市政基础设施工程质量监督管理办法》等相关法规，监理单位若未对施工单位的违法违规行为予以书面制止，或者整改验收未闭合以及制止无效时未及时报告建设单位处理，可能会面临行政处罚。这些处罚可能包括罚款、责令改正等，具体处罚措施和金额会根据违法事实的严重程度和造成的后果来确定。
二、后来制止的影响
减轻处罚的可能性：
- 如果监理单位在后续阶段对施工单位的违法违规行为进行了书面制止，并采取了有效措施进行纠正，这在一定程度上表明监理单位已经认识到了自己的错误，并积极采取了补救措施。
- 在这种情况下，行政机关可能会考虑监理单位的后续行为，对其之前的未制止行为给予一定的宽容，从而在处罚时予以减轻。但具体是否减轻以及减轻的程度，还需根据违法事实的严重程度、造成的后果以及监理单位的补救措施等因素来综合判断。
不免除处罚的情况：
- 如果监理单位的未制止行为已经造成了严重的后果，如工程质量问题、安全事故等，那么即使后来进行了制止，也可能无法完全免除其法律责任。
- 此外，如果监理单位在未制止期间存在故意隐瞒、包庇等恶劣行为，那么其后续制止行为可能无法成为减轻处罚的理由。
三、法律建议
及时履行监督职责：
- 监理单位应严格按照相关法律法规和合同约定，履行对施工单位的监督职责，及时发现并制止施工单位的违法违规行为。
- 对于无法制止或制止无效的情况，应及时向建设单位报告，并配合建设单位采取进一步措施。
完善内部管理制度：
- 监理单位应建立健全内部管理制度，明确监理人员的职责和权限，确保监理工作的规范化和标准化。
- 加强对监理人员的培训和教育，提高其法律意识和业务水平，减少因疏忽或无知而导致的违法违规行为。
积极应对行政处罚：
- 如果监理单位因未履行监督职责而面临行政处罚，应积极配合行政机关的调查和处理工作。
- 如有异议或认为处罚不当，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
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