当您收到已执行合同的违约金时，可以按照以下步骤来处理：

一、确认违约金性质与金额

首先，您需要仔细核对合同中关于违约金的条款，确认收到的违约金性质（如是否为惩罚性违约金或补偿性违约金）以及金额是否与合同约定相符。这一步是后续处理的基础，确保您的权益得到准确保障。

二、评估自身损失

在确认违约金性质与金额后，您需要评估因对方违约而给您造成的实际损失。这包括但不限于直接经济损失（如货物损失、服务费用等）和间接经济损失（如预期利润损失、额外经营成本等）。如果违约金不足以覆盖您的全部损失，您有权继续向对方主张赔偿。

三、与对方协商

如果您对违约金的数额或支付方式存在争议，或者认为违约金不足以弥补您的损失，您可以尝试与对方进行协商。在协商过程中，您可以依据合同条款和实际情况，提出合理的解决方案。通过友好协商，往往能够达成双方都能接受的解决方案。

四、选择争议解决方式

如果协商不成，您需要依照合同约定的争议解决条款来选择仲裁或诉讼。选择仲裁时，您需要向约定的仲裁机构提交仲裁申请；选择诉讼时，则需要向有管辖权的法院提起诉讼。在争议解决过程中，您需要准备好各类证据，如合同、往来文件、支付凭证等，以证明合同关系以及违约金的相关事实。

五、税务处理

在收到违约金后，您还需要关注税务处理方面的问题。根据税法规定，企业收到的违约金属于应税收入，需要缴纳企业所得税。在会计操作上，一般将其计入营业外收入。此外，如果违约金是因销售货物、提供劳务等经营活动产生，并且和价款一起收取，同时开具了发票，那么还需要按规定缴纳增值税。因此，在处理违约金时，您需要确保税务合规，准确核算并申报缴纳相关税费。

六、执行与保障

如果仲裁裁决或法院判决生效后，对方不履行支付义务，您可以通过强制执行程序来要求对方履行支付义务，从而保障自身的合法权益。

举例说明：

假设您与一家公司签订了一份销售合同，合同中明确约定了违约金条款。后来，该公司违约并支付了违约金。但您发现，该违约金数额低于合同约定标准，且因对方违约给您造成了额外的经营成本和预期利润损失。在这种情况下，您可以先确认违约金性质与金额是否契合合同约定；然后评估自身损失；接着与对方进行协商；如果协商不成，则选择仲裁或诉讼来维护自身权益；同时，在收到违约金后，注意税务处理方面的问题；最后，如果对方不履行支付义务，则通过强制执行程序来保障自身权益。