竣工验收过程中，如果发现工程存在问题，相关部门是有权责令改正的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、竣工验收与责令改正的法律依据

在建设工程领域，竣工验收是确保工程质量、安全及合规性的重要环节。根据相关法律法规，如《中华人民共和国建筑法》、《建设工程质量管理条例》等，建设单位在工程竣工后，必须组织设计、施工、监理等单位进行竣工验收，并确保工程符合设计要求及合同约定。若在验收过程中发现工程存在质量问题或不符合相关规定，验收部门有权要求建设单位进行整改，即责令改正。

二、责令改正的具体情形

1. 工程质量问题：若工程存在结构安全、使用功能等方面的缺陷，验收部门会要求建设单位组织施工单位进行修复或加固，直至达到设计要求及安全标准。

2. 资料不全或不符合要求：竣工验收需要提交一系列资料，如施工图纸、变更记录、质量检测报告等。若资料不全或不符合要求，验收部门会要求建设单位补充或完善相关资料。

3. 违规行为：若在建设过程中存在违规行为，如未按照设计图纸施工、使用不合格材料等，验收部门会要求建设单位进行整改，并可能对相关责任单位进行处罚。

三、责令改正的程序与后果

1. 程序：验收部门在发现工程存在问题后，会向建设单位发出整改通知书，明确整改内容、期限及要求。建设单位需按照通知书要求进行整改，并在规定期限内提交整改报告。

2. 后果：若建设单位未按照要求进行整改或整改后仍不符合要求，验收部门有权拒绝通过竣工验收，并可能对建设单位进行处罚，如罚款、停工整顿等。同时，未通过竣工验收的工程不得投入使用，否则将承担相应的法律责任。

四、实际案例与法律建议

在实际操作中，因竣工验收不合格而被责令改正的案例屡见不鲜。例如，某住宅项目因存在外墙渗漏、室内空气质量不达标等问题，被验收部门要求进行整改。建设单位在接到整改通知书后，组织施工单位进行了全面修复，并重新进行了质量检测，最终通过了竣工验收。

法律建议：

1. 建设单位在工程竣工前，应组织自查自纠，确保工程符合设计要求及合同约定，减少被责令改正的风险。

2. 若在验收过程中被责令改正，建设单位应积极配合，按照要求进行整改，并在规定期限内提交整改报告。

3. 建设单位应加强对施工单位、监理单位等参建方的管理，确保工程质量及合规性，避免因违规行为而被处罚。

如有任何关于建设工程竣工验收及责令改正方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。