违法占地设置抽水机设施的处罚需结合土地性质、违法情节及行为后果综合判定，具体处罚方式如下：

1. 行政处罚（核心依据《土地管理法》及实施条例）

   • 责令退还土地：若占用耕地、林地等农用地，或未经批准占用建设用地，自然资源主管部门可责令限期退还非法占用土地。
     
   • 限期拆除或没收设施：对非法占用的土地上新建的抽水机设施及其他建筑物，责令限期拆除（如占用耕地）；逾期不拆的，可依法没收。
     
   • 罚款：按非法占用土地面积处以罚款（标准：耕地每平方米100元以上1000元以下，其他土地每平方米100元以上500元以下）。
     
   • 复垦义务：责令限期治理被破坏的土地，恢复种植条件或生态环境。

2. 刑事责任（涉嫌非法占用农用地罪）

   • 立案标准：若占用基本农田5亩以上，或一般耕地10亩以上，且造成种植条件严重毁坏，可能构成犯罪。
     
   • 处罚结果：处5年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；单位犯罪的，对直接责任人员处罚。

3. 民事赔偿（对土地权利人的损害）

   • 若违法占地行为导致土地所有权人或使用权人（如承包经营权人）损失，需承担赔偿责任，包括土地收益损失、复垦费用等。

实务建议：

• 立即停止违法行为，主动与自然资源部门沟通，争取从轻处理（如补办手续、缴纳罚款）。
  
• 若涉及刑事风险，建议委托律师介入，评估证据链完整性，争取不立案或缓刑。
  
• 对处罚决定不服的，可在60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。

提示：具体处罚需结合地方实施细则及案件细节，如有进一步疑问，可直接向我咨询。