公司股权转让后，劳动违法行为由转让后的公司承担。以下是具体的分析：
一. 公司股权转让后的责任承担
股权整体转让的情形：在公司股权整体转让的情形下，公司的法人主体资格并未发生改变，公司依然存续，只是股东发生了变更。根据相关法律规定，原公司的权利义务，包括对员工的责任，由转让后的公司承继。因此，如果转让前的公司存在劳动违法行为，转让后的公司应当承担相应的责任。
合并、分立等转让方式：如果公司通过合并、分立等方式进行转让，按照《中华人民共和国公司法》的相关规定，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。同样，公司分立前的债务，除非在分立前与债权人就债务清偿达成书面协议另有约定，否则应当由分立后的公司承担连带责任。因此，在这种转让方式下，劳动违法行为的责任也应当由承继权利义务的主体承担。
二. 劳动违法行为的处理
违法行为的认定：劳动违法行为可能包括未按时支付工资、未依法缴纳社会保险、违反工时规定等。这些行为都违反了《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，应当由责任主体承担相应的法律责任。
责任的承担：一旦转让后的公司被认定为存在劳动违法行为，就需要按照相关法律法规的规定，承担相应的法律责任。这可能包括支付拖欠的工资、补缴社会保险、支付赔偿金等。
综上所述，公司股权转让后，劳动违法行为的责任由转让后的公司承担。这是基于公司法人主体资格的延续以及权利义务的承继原则。如果转让后的公司存在劳动违法行为，员工可以依法向其主张权益。