保证合同和担保确认函约定的担保期间不一样时，应以哪个为准，需根据具体情况及法律规定来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合同效力与约定优先原则
- 合同效力：保证合同和担保确认函作为法律文件，均具有一定的法律效力。当两者对担保期间的约定不一致时，首先需考虑的是合同的效力及约定优先原则。
- 约定优先：在一般情况下，如果保证合同和担保确认函均为有效合同，且对担保期间有明确约定，那么应优先遵循双方在最后一份有效文件中的约定。这是因为后签订的合同或确认函往往被视为对之前约定的修改或补充。
二、法律规定与默认规则
- 法律规定：根据《民法典》的相关规定，保证期间是确定保证人承担保证责任的期间，不发生中止、中断和延长。债权人与保证人可以约定保证期间，但约定的保证期间早于主债务履行期限或者与主债务履行期限同时届满的，视为没有约定。
- 默认规则：在没有约定或约定不明确的情况下，保证期间为主债务履行期限届满之日起六个月。这一规则为法律提供的默认规则，旨在保护债权人的利益，同时避免保证人承担过长的保证责任。
三、具体情形分析
若保证合同在后，且约定明确：
- 在此情况下，应以保证合同中的约定为准。因为后签订的合同往往被视为对之前约定的修改或补充，且双方在此合同中已对担保期间达成了新的合意。
若担保确认函在后，但约定不明确或与保证合同冲突：
- 如果担保确认函中的约定不明确，或者与保证合同中的约定存在冲突，那么可能需要结合双方的实际意图、交易习惯以及公平原则等因素进行综合判断。
- 在此情况下，如果无法确定哪个约定更符合双方的真实意图，那么可能需要遵循法律规定的默认规则，即保证期间为主债务履行期限届满之日起六个月。
若双方对担保期间有争议，且无法通过协商解决：
- 在此情况下，双方可以通过诉讼或仲裁等方式解决争议。法院或仲裁机构将根据相关法律规定、合同条款以及双方的实际意图等因素进行综合判断，并作出裁决。
四、建议与注意事项
- 明确约定：为避免争议和纠纷，建议双方在签订保证合同和担保确认函时，对担保期间进行明确、具体的约定。
- 审查合同：在签订合同前，双方应仔细审查合同条款，确保合同内容符合自身利益和法律规定。
- 及时沟通：如果在合同履行过程中发现担保期间约定存在问题或争议，双方应及时沟通并协商解决。
最后需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，因此在处理类似问题时，应结合案件的具体事实和法律规定进行综合判断。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。