针对您提出的“违反地理标志保护产品的食品案件怎么处理”的问题，我将结合相关案例和法律法规，为您详细解答。
首先，需要明确的是，地理标志保护产品是指产自特定地域，所具有的质量、声誉或其他特性本质上取决于该产地的自然因素和人文因素，经审核批准以地理名称进行命名的产品。对于违反地理标志保护规定的行为，相关部门会依法进行查处。
处理流程一般如下：
立案调查： 当市场监管部门接到关于违反地理标志保护规定的投诉或举报后，会立即进行立案调查。调查过程中，执法人员会收集相关证据，包括现场检查笔录、询问笔录、进货台账、供货方资质证明、产品检验报告等，以确认违法事实。
确认违法事实： 根据收集到的证据，市场监管部门会确认当事人是否存在擅自使用地理标志名称、销售侵犯地理标志证明商标专用权的商品等违法行为。例如，在六安市霍山县市场监管局查处的案例中，当事人擅自使用“霍山黄芽”地理标志名称销售自己采摘制作的茶叶，被确认为违法行为。
作出行政处罚： 一旦确认违法事实，市场监管部门会依据相关法律法规作出行政处罚决定。处罚措施可能包括没收涉案产品、罚款等。例如，在六安市金安区市场监管局查处的案例中，当事人因销售侵犯“六安瓜片”地理标志证明商标专用权的商品，被处以没收商标侵权的茶叶及相关包装，并罚款的行政处罚。
执行处罚决定： 当事人应在规定期限内履行处罚决定。如逾期不履行，市场监管部门可依法采取强制执行措施，如申请法院强制执行等。
具体案例分析：
六安市霍山县市场监管局查处案例： 当事人擅自使用“霍山黄芽”地理标志名称销售茶叶，违反了《地理标志产品保护规定》和《中华人民共和国产品质量法》的相关规定，被处以没收涉案产品和罚款的行政处罚。
新乐市鑫宏食糖专营店经营冒用“五常大米”地理标志产品名称案： 当事人销售的“五常大米”执行标准与实际地理标志产品执行标准不符，且未能提供地理标志授权书，被确认为经营冒用地理标志产品名称的行为，违反了《地理标志产品保护办法》和《中华人民共和国反不正当竞争法》的相关规定，同样受到了行政处罚。
总结与建议：
对于违反地理标志保护产品的食品案件，市场监管部门会依法进行立案调查、确认违法事实、作出行政处罚并执行处罚决定。作为食品生产经营者，应严格遵守地理标志保护规定，确保所售产品符合相关标准，避免违法行为的发生。同时，消费者在购买地理标志保护产品时，也应仔细查看产品标识和相关信息，确保购买到正宗的产品。
希望以上解答能够对您有所帮助。如有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告知。