针对您提出的“未取得消防验收擅自投入使用违法所得如何处理”的问题，我将结合相关法律法规和实际案例，为您进行详细解答。

首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国消防法》第十三条第三款的规定，依法应当进行消防验收的建设工程，在未经消防验收或者消防验收不合格的情况下，是禁止投入使用的。这是为了保障建筑物的消防安全，维护人民群众的生命财产安全。

对于未取得消防验收擅自投入使用的行为，法律有明确的处罚规定。根据《中华人民共和国消防法》第五十八条第一款第(二)项，如果依法应当进行消防验收的建设工程，未经消防验收或者消防验收不合格，就擅自投入使用，那么由住房和城乡建设主管部门、消防救援机构按照各自职权，可以责令停止施工、停止使用或者停产停业，并处三万元以上三十万元以下的罚款。

在实际操作中，执法部门会根据违法行为的严重程度、是否产生危害后果以及违法所得的具体情况等因素，来综合确定处罚的力度。例如，在您提到的案例中，惠州市某科技有限公司在未取得消防验收合格意见书前擅自投入使用，进行小批量的生产。虽然该公司后来取得了消防验收合格意见书，且未产生危害后果，但因其违法事实确实存在，且未过行政处罚追溯期限，所以执法部门还是对其作出了罚款人民币5万元的行政处罚决定。

至于违法所得的处理，一般来说，如果违法行为产生了违法所得，执法部门在作出行政处罚的同时，也会要求违法者上缴违法所得。这是为了剥夺违法者的非法利益，维护法律的公正和权威。不过，具体的违法所得处理方式可能会因地区和案件性质的不同而有所差异。

总的来说，未取得消防验收擅自投入使用的行为是违法的，会受到法律的严厉处罚。因此，我建议您在从事相关生产经营活动时，一定要严格遵守消防法律法规，确保建筑物的消防安全，避免给自己带来不必要的法律风险和经济损失。