营运车辆减少座椅属于擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征的违法行为，将面临罚款、责令恢复原状等处罚。具体分析如下：
法律依据
根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条，任何单位或者个人不得有下列行为：
（一）拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征；
（二）改变机动车型号、发动机号、车架号或者车辆识别代号。
营运车辆减少座椅属于擅自改变车辆结构的行为，违反上述规定。
处罚措施
根据《道路交通安全法》第一百条，驾驶拼装的机动车或者已达到报废标准的机动车上道路行驶的，公安机关交通管理部门应当予以收缴，强制报废。对驾驶前款所列机动车上道路行驶的驾驶人，处二百元以上二千元以下罚款，并吊销机动车驾驶证。
对于擅自改变机动车结构、构造或特征的违法行为（如减少座椅），公安机关交通管理部门可依据《机动车登记规定》第七十九条，责令恢复原状，并处警告或者五百元以下罚款。
营运车辆特殊规定
若营运车辆减少座椅导致实际载客量与行驶证核定人数不符，还可能违反《道路运输条例》中关于营运车辆技术条件的规定。交通运管部门可依据相关法规，对运输企业或车主处以罚款，并责令限期整改。
建议：若车辆因特殊需求需调整座椅布局，应提前向车辆登记地车管所申请变更登记，经批准后方可改装。已擅自改装的，需立即恢复原状并主动接受处罚，避免进一步法律风险。如有具体案件细节需分析，可直接向我咨询。