不正常运行治污设施且超标排放，违法行为的个数应根据具体案情区别对待，具体分析如下：
不存在因果关系或无证据证明存在因果关系时：
- 当通过不正常运行治污设施的方式排放污染物与超标排放污染物之间，不存在因果关系或者没有证据证明两者之间存在因果关系时，应认定为两个违法行为。这是因为两个行为各自独立，没有直接的关联性，因此应分别进行处罚。
存在因果关系时：
- 当有充分证据证明两者之间存在因果关系时，宜认定为两者之间具有牵连关系，即认定为一个违法行为。这是因为牵连行为事实上存在两个行为，但由于结果行为与原因行为之间具有密切关联性，实施该原因行为（通过不正常运行治污设施的方式排放污染物）时，通常会出现结果行为（超标排放污染物），因此不认定为两个违法行为。在现行法律没有明文规定牵连行为的处罚原则的情况下，可以借鉴刑法理论，对牵连犯一般从“一重处罚”或从“一重从重处罚”。具体到本案，由于通过不正常运行治污设施排放污染物的行为与超标排放污染物的行为相比，除了“责令改正或者限制生产、停产整治，并处十万元以上一百万元以下的罚款；情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭”的法律责任外，还有行政拘留的处罚，因此应认定为处罚较重的违法行为，即通过不正常运行治污设施的方式排放污染物的行为。
法律背景与建议：
- 根据《大气污染防治法》《水污染防治法》的规定，通过不正常运行治污设施的方式排放污染物与超标排放污染物的法律责任均是“责令改正或者限制生产、停产整治，并处十万元以上一百万元以下的罚款；情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭”。
- 依据《环境保护法》第六十三条的规定，企业事业单位和其他生产经营者通过不正常运行治污设施等逃避监管的方式违法排放污染物，尚不构成犯罪的，除依照有关法律法规规定予以处罚外，由县级以上人民政府环境保护主管部门或者其他有关部门将案件移送公安机关，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处十日以上十五日以下拘留；情节较轻的，处五日以上十日以下拘留。
- 建议企业严格遵守环保法规，确保治污设施正常运行，避免超标排放污染物。一旦发现治污设施存在问题或超标排放情况，应立即采取措施进行整改，并主动向环保部门报告，以减轻或避免法律责任。
可能的法律后果：
- 如果企业被认定为通过不正常运行治污设施的方式排放污染物且超标排放，将面临严厉的行政处罚，包括罚款、责令改正、限制生产、停产整治等，甚至可能被责令停业、关闭。
- 同时，企业的直接负责的主管人员和其他直接责任人员还可能面临行政拘留的处罚。
因此，企业在日常运营中应高度重视环保工作，确保治污设施的正常运行和污染物的达标排放，以避免不必要的法律风险和经济损失。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。