关于投资企业委托中介机构进行尽职调查，费用由被投单位承担是否合法合规的问题，结论如下：

1. 从合同自由原则的角度来看，这种费用承担方式并不直接违反法律法规。

   • 在商业实践中，投资企业与被投单位之间可以通过协商，在投资协议或相关合同中明确约定尽职调查费用的承担方。如果双方达成一致，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种费用承担方式就是合法有效的。

2. 从行业惯例和公平原则的角度来看，需要具体分析。

   • 行业惯例：在某些行业或领域，可能存在特定的行业惯例或交易习惯，关于尽职调查费用的承担方式也可能有所不同。如果这种费用承担方式符合行业惯例，且被投单位在签署相关协议时对此有明确的认知和接受，那么这种安排通常是可接受的。
   • 公平原则：然而，如果尽职调查费用的承担明显对被投单位不公平，或者被投单位在签署协议时并未充分了解或同意这种费用承担方式，那么这种安排可能会引发争议。在这种情况下，被投单位可以主张该条款无效或要求重新协商费用承担方式。

3. 从法律风险的角度来看，需要注意以下几点：

   • 明确约定：为了避免后续争议，双方应在投资协议或相关合同中明确约定尽职调查费用的承担方、金额、支付方式等关键条款。
   • 合规性审查：在签署协议前，双方应对协议内容进行合规性审查，确保协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定。
   • 公平合理：费用承担方式应公平合理，不得损害任何一方的合法权益。如果费用承担方式明显不合理，可能会引发法律纠纷。

法律建议：

• 在签署投资协议或相关合同前，双方应充分沟通并明确约定尽职调查费用的承担方式。
• 如果可能的话，可以咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保协议内容的合法性和有效性。
• 在协议履行过程中，双方应遵守协议约定，如有争议应及时协商解决或寻求法律途径解决。

可能的法律后果：

• 如果双方未明确约定尽职调查费用的承担方式，或者约定不明确，可能会引发后续争议和法律纠纷。
• 如果费用承担方式违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗，可能会被认定为无效条款。
• 如果因费用承担问题引发法律纠纷，双方可能需要通过诉讼或仲裁等方式解决争议，并承担相应的法律后果。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。