行政机关对员工加班进行调休是否合法，需分情况讨论：
休息日加班调休的合法性
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位在休息日安排劳动者工作，且不能安排补休的，需支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。但若用人单位与劳动者协商一致，可以安排补休，此时调休是合法的。这意味着，在休息日加班的情况下，只要双方就调休达成一致，行政机关（作为用人单位）对员工加班进行调休就是合法的。
工作日或法定节假日加班调休的合法性
- 对于工作日延长工作时间或法定节假日安排劳动者工作的情况，法律有更为严格的规定。根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。然而，对于工作日延长工作时间或法定节假日加班，法律并未规定可以安排补休作为替代支付加班费的方式。因此，在这种情况下，行政机关若未经劳动者同意，单方面安排调休而不支付加班费，则可能构成违法。
法律建议与风险提示：
- 协商一致是关键：无论是休息日还是工作日、法定节假日加班，用人单位与劳动者之间的协商一致都是安排调休或支付加班费的前提。行政机关在安排调休时，应确保与劳动者进行充分沟通，并达成一致意见。
- 遵守法定工时制度：行政机关应严格遵守国家关于工作时间和休息休假的规定，确保劳动者每周至少休息一日，并合理安排工作任务，避免过度加班。
- 保障劳动者权益：在安排调休或支付加班费时，行政机关应确保劳动者的合法权益得到保障。对于拒绝调休而要求支付加班费的劳动者，行政机关应依法支付相应的加班费。
可能面临的法律后果：
- 若行政机关未经劳动者同意，单方面安排调休而不支付加班费，可能面临劳动者的投诉或劳动争议仲裁。在劳动争议仲裁中，若行政机关被认定存在违法行为，可能需要支付加班费、经济补偿金等费用，并可能承担相应的法律责任。
综上所述，行政机关对员工加班进行调休是否合法，需根据加班的具体情况（如是否为休息日、工作日或法定节假日）以及是否与劳动者协商一致来判断。在处理此类问题时，行政机关应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。