在劳动仲裁时申请两个公司作为被申请人，而在诉讼阶段不承担责任的公司，应当根据具体情况列为其相应的诉讼主体，一般可能列为第三人或共同被告（但需视具体责任划分情况而定），不过更常见的是列为第三人。以下是对此问题的详细分析：
一、列为第三人的情况
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，第三人是指对当事人双方的诉讼标的，认为没有独立请求权，但与案件处理结果有法律上的利害关系，从而参加到已经开始的诉讼中进行诉讼的人。
应用场景：
- 在劳动仲裁中，如果申请人将两个公司均列为被申请人，但在诉讼阶段发现其中一个公司并不承担实际责任，那么该不承担责任的公司通常可以作为第三人参与诉讼。这是因为，虽然该公司不直接承担责任，但案件的处理结果可能与其有法律上的利害关系，例如，可能影响其商业信誉、与其他方的合同关系等。
实际操作：
- 在诉讼过程中，法院会根据案件的具体情况，决定是否通知该不承担责任的公司作为第三人参加诉讼。如果法院认为有必要，会向其发出参加诉讼通知书，该公司在收到通知书后，可以选择是否参加诉讼。
二、列为共同被告的特殊情况（需谨慎判断）
特殊情形说明：
- 虽然在大多数情况下，不承担责任的公司会被列为第三人，但在某些特殊情况下，如果申请人坚持认为两个公司应共同承担责任，或者法院在审理过程中发现两个公司之间存在共同侵权、共同违约等情形，那么不承担责任的公司也可能被列为共同被告。不过，这种情况较为少见，且需要充分的证据支持。
风险提示：
- 将不承担责任的公司列为共同被告，可能会增加诉讼的复杂性和成本。如果最终法院认定该公司不承担责任，那么申请人可能需要承担因错误列明被告而产生的诉讼费用等不利后果。
三、建议与注意事项
充分准备证据：
- 在劳动仲裁和诉讼过程中，申请人应充分准备证据，以证明自己的主张。对于不承担责任的公司，应提供充分的证据证明其与案件无关或不应承担责任。
咨询专业律师：
- 由于劳动仲裁和诉讼涉及复杂的法律问题和程序，建议申请人在进行前咨询专业律师。律师可以根据案件的具体情况，为申请人提供专业的法律意见和诉讼策略。
注意诉讼时效：
- 申请人应注意诉讼时效的问题。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。如果超过时效期间申请仲裁，可能会面临不利后果。
如有任何关于劳动仲裁或诉讼的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律意见和帮助。